En 1959, con el objetivo de celebrar la inauguración del colegio donde estudia Lucinda Embry, se decide que cada niño realice un dibujo de cómo imagina el futuro para guardarlos todos en una cápsula del tiempo. Ésta se abrirá 50 años más tarde. Uno de los estudiantes que abrirá la cápsula y recibirá uno de los dibujos es Caleb Koestler, el hijo de un profesor de astronomía viudo. Cuando reciba su dibujo descubrirá que se trata del que realizó Lucinda: una serie casi interminable de números aparentemente sin sentido. Caleb no le dará ninguna importancia, pero su padre pronto se fijará en los números y descubrirá algo inquietante.

La película termina de la siguiente forma: John conoce la fecha del fin del mundo, y cuando cree que todo está perdido, descubre gracias a su hijo, que había comenzado a escribir los números, que a Lucinda no le dio tiempo de terminarlos de escribir. Su primer impulso es ir al colegio y buscar la puerta en la que dijeron que Lucinda había continuado escribiendo con sus uñas.

Al llegar arranca la puerta y se la lleva a casa. Allí Diana le insiste en que deberían marcharse a las cuevas, pero John está convencido de que encontrará algo en esos números. Por desgracia, Diana no espera y se marcha con los niños. Mientras tanto John termina de buscar los números y los interpreta: son las coordenadas de la casa de Lucinda, posiblemente el lugar de la salvación. Diana se detiene en una gasolinera para reponer, pero se entretiene y el grupo de hombres misteriosos que habían vigilado a los niños les secuestran llevándose el coche donde estaban.

La madre de Abby, desesperada, roba un coche y trata de seguirlos cuando un camión la arrolla, acabando con su vida tal y como su madre había predicho. Poco después John llega al lugar del accidente y desesperado, decide ir a las coordenadas. Allí se encuentra con los niños, que junto a unos conejos, están en compañía de los misteriosos hombres.

Bajo una atónita mirada John descubre la verdad: esos hombres en realidad eran entes extraterrestres enviados a la Tierra en busca de algunos pocos. Tras explicarle Caleb lo que dicen los entes, John entiende que sólo los elegidos, aquellos que escuchan a los entes, pueden acompañarles en su viaje intergaláctico. Bajo un manto de lágrimas, John le entrega a Caleb el colgante que le regaló su mujer en su último cumpleaños, y se despide de él. Los extraterrestres tienen planes para sus elegidos: comenzar de nuevo en otro planeta y conseguir que la especie humana perdure.

John se monta de nuevo en el coche y pone rumbo hacia la casa de sus padres, donde se encuentra tanto con ellos como con su hermana. Los cuatro se funden en un abrazo y la onda de calor procedente del espacio aniquila el planeta.

En un lugar muy lejano vemos cómo la nave donde viajaron Caleb y Abby se aleja, viéndose en el horizonte otras muchas de las que suponemos han salido más elegidos como ellos. Un enorme árbol relaciona lo ocurrido con Adán y Eva y con las teorías de que la vida humana se generó en la Tierra de una forma muy distinta a como dictan las viejas historias.