El alcalde de Collingwood ordena la evacuación de la ciudad después de que su suministro de agua contaminada provoque la muerte de 16 personas y la hospitalización de decenas más. Afirmando representar a un consorcio decidido a descubrir la causa de la contaminación, un misterioso hombre llamado Phil Prosser recluta a Jack, empleado de Septic Man, para que investigue tras la evacuación. Shelley, la esposa de Jack, que está embarazada, se molesta al saber que Jack planea quedarse solo.

Jack rastrea la fuente de contaminación hasta un tanque de aguas residuales subterráneo cuyas tuberías están bloqueadas por cadáveres en descomposición, entre otros residuos y desechos. La escotilla superior se cierra detrás de Jack y éste queda encerrado en su interior. Atrapado en la cámara y nadando en residuos líquidos, Jack comienza a mutar.

Un hombre grande y tonto llamado Giant abre la escotilla y baja una cadena para que Jack pueda subir. Cuando Jack llega a la cima, Giant lo apuñala y vuelve a encerrar a Jack en el tanque. Gigante resulta ser el hermano de Lord Auch, un loco gruñón de dientes puntiagudos que vive junto a la instalación de aguas residuales y cuyas víctimas constituyen los cadáveres que contaminan el tanque.

Una vez que Jack ha eliminado la obstrucción, el flujo de agua tratada se reanuda y Collingwood vuelve a la normalidad, aunque Phil y Shelley son incapaces de encontrar a Jack. Phil es finalmente asesinado y su cuerpo es arrojado a los residuos con Jack.

Después de que Lord Auch le muerda, Giant se disculpa por el apuñalamiento anterior y le pide a Jack que le ayude a matar a su hermano. Sin embargo, Lord Auch mata a Giant con una motosierra. Lord Auch desciende a la fosa para luchar con Jack y éste acaba matándolo.

Shelley rastrea a su marido hasta las instalaciones. Habiendo mutado completamente, Jack maldice a su esposa y se niega a salir, identificando la fosa séptica como su hogar. Al salir, una angustiada Shelley inicia una descarga del sistema. Jack se libera a través de una tubería de drenaje y emerge a la luz del día en el exterior.