Jeanine Matthews (Kate Winslet) envía un mensaje a cada facción de la ciudad. Ella dice que después de la guerra, la paz parecía inalcanzable pero que ahora siente lo opuesto. Asegura que la paz se puede lograr siempre y cuando limpien la ciudad de sus enemigos: los Divergentes. Al mismo tiempo, los hombres de Jeanine van a la casa de los Prior en Abnegación y recuperan una caja con un símbolo de cada facción. El problema es que necesitan un Divergente para desbloquearlo.

Tris Prior (Shailene Woodley) regresa a su casa en Cordialidad con su hermano Caleb (Ansel Elgort) y su novio Cuatro (Theo James). Ella se acerca a los residentes de la ciudad, pero todos se alejan de ella. Tris ve a sus padres Andrew (Tony Goldwyn) y Natalie (Ashley Judd) llenos de sangre. La madre cuenta que Tris la mató, a ella y a todas las personas que estaban en el lugar. Esto es sólo una pesadilla.

Durante la comida, Tris habla de querer volver con Erudición y matar a Jeanine para evitar más muertes. Caleb argumenta por qué es una mala idea. Peter hace un comentario sobre no conseguir que maten a Caleb, tal como Tris hizo que mataran a sus padres. Enfurecida, Tris ataca a Peter con un cuchillo. La líder de Cordialidad, Johanna Reyes (Octavia Spencer) llama a Tris a su oficina, diciendo que su presencia distrae a su comunidad pacífica  y les pide que se vayan. Johanna le advierte a Tris que no deje que ella quiera su venganza. Luego, un equipo de furgonetas, liderado por Eric (Jai Courtney) y Max (Mekhi Phifer), irrumpe a través de las puertas, en busca de Divergentes. Tris, Cuatro y Caleb se esconden en la oficina, pero Peter los sacude. Los soldados les apuntan con sus armas, y Marcus se interpone en su camino, lo que lleva a que lo derriben mientras Cuatro vigila. Los tres evaden a los soldados y bajan a las vías del tren. Cuatro detiene a los soldados y logra saltar por encima de las vías antes de que el tren lo golpee.

Esa noche, Tris está durmiendo con Cuatro, cuando Evelyn aparece en la puerta. Ella se sienta junto a la cama y le pregunta a Tris si cree que él todavía la amará cuando él se dé cuenta de que realmente es mortal. Tris ve a Cuatro ensangrentado a su lado. No es más que otra pesadilla.

A la mañana siguiente, Tris y Cuatro se dirigen a Candor, pero Caleb se dirige a otro lugar.  En Candor, Tris y Cuatro se reúnen con los osados sobreviviente, incluyendo a Christina (Zoe Kravitz) y Tori (Maggie Q). Christina le pregunta a Tris si ha oído algo de su amigo Will, sin saber que Tris tuvo que matarlo. Tris dice que no ha escuchado nada. Tris y Cuatro son detenidos y llevados ante el líder Candor Jack Kang (Daniel Dae Kim). Él no cree que sean sinceros en lo que dicen sobre el hecho de que Jeanine haya emitido los ataques.

Cuatro se inyecta con un suero de verdad y se presenta ante los Candors. Él les dice cómo se unió a Osadía para escapar del abuso de su padre y que planeaba unirse a otra facción hasta que se enamoró de Tris. Tris también sube con el suero, pero cuanto más se resiste a decir la verdad, más le duele. Admite que fue responsable de la muerte de muchos, incluidos sus padres y Will.

De vuelta en Erudición, Jeanine prueba a los Divergentes para ver quién puede desbloquear la caja. Ella tiene a una niña puesta en la simulación, pero la niña muere. Jeanine determina que se debe traer un Divergente muy especial para completar la tarea. Pedro entra y jura lealtad a Erudición. Él le dice a Jeanine que la mejor manera de hacer que Tris se entregue es jugar con su humanidad.

Tris se para en un tejado donde un joven llamado Uriah (Keiynan Lonsdale) se le acerca. Se involucra en una conversación agradable con Tris cuando Eric y sus soldados comienzan a disparar a los Candors con un suero de simulación en el cuello. Él tiene personas alineadas y comienza a escanearlas para ver qué Divergente es el que necesitan. Eric escanea a Uriah y al ver que es un 10% divergente, lo ejecuta. Eric luego escanea a una niña pequeña que es 40% divergente. Antes de que pueda dispararle, Tris lo empuja. Max se acerca para escanear a Tris y ve que es 100% Divergente. Cuatro aparece y pelea con Eric, haciéndolo caer de rodillas con una pistola en la cabeza. Eric pregunta si Cuatro puede vivir matando a alguien. Cuatro le dispara en la cabeza.

Los sueros de sim se activan en Christina, un niño y una niña llamada Marlene (Suki Waterhouse) cuando están de pie sobre una cornisa. Piden al unísono que Tris se entregue o morirán más. Los tres se acercan mientras Tris y Tori corren para rescatarlos. Tris agarra a Christina y Tori agarra al niño, pero Marlene cae.

Cuatro se une a la causa de su madre contra Erudición. Tris, quien se siente culpable, decide que debe entregarse a Jeanine si quiere evitar más muertes. Una vez que llega a Erudición, es llevada a la sala de simulación.

Caleb, habiéndose reunido con Erudición, se encuentra con Tris en la sala de simulación antes de que comience. Afirma que él es desinteresado por permitir que su hermana se arriesgue a sí misma por el bien de muchos. Tris está atascada con varios cables y debe pasar por una simulación de cada facción para desbloquear la caja. Su primera prueba es un simulación de Cordialidad. Ella está en las ruinas de la ciudad donde ve a su madre en un edificio. El edificio se incendia y la madre pide ayuda a Tris. Tris corre hacia ella cuando el edificio comienza a flotar en el aire. Ella agarra una pipa y sube a la cima. Se cae brevemente, pero logra ponerse en pie y subir a la casa para agarrarse a su madre. Después de que pase esto, debe pasar por el simulador de Candor, que consiste en un simulacro de Cuatro. Tris saca una pistola y se enfrenta a Peter en el suelo. Ella le perdona la vida y sigue adelante. Luego se da cuenta de que Cuatro no es real, y pasa el simulador. Tris comienza a perder energía y Jeanine, de mala gana, le permite descansar antes de continuar.

Peter se mete en el sistema informático y le permite a Tris completar el simulador final. Se ve obligada a pelear contra ella misma, ya que ella es la única persona a la que odia más que a Jeanine. Tris Simulada se burla de Tris Real por la muerte de sus seres queridos, pero Tris Real sabe que podrá perdonarse a sí misma. Después de pasar esto, la caja se desbloquea. Todos ven el mensaje: una mujer (Janet McTeer) dice que todos en la ciudad fueron parte de un experimento para ver si la humanidad puede continuar prosperando, y que los verdaderos salvadores de este mundo serían los Divergentes, por lo que si uno pudiera desbloquear el mensaje, todos estarían listos para ir más allá de los muros de la ciudad. Sabiendo que esto eliminaría su poder, Jeanine ordena que la caja esté oculta para todos, y que Tris y Cuatro sean ejecutados.

Pero el mensaje se reproduce en todas las facciones. Todo el mundo comienza a dirigirse hacia las murallas. Tris es vista como una heroína. Mientras tanto, Jeanine mira desde la ventana de su teléfono mientras todos avanzan más allá de la ciudad. Evelyn entra detrás de ella. Jeanine dice que después de 200 años desde la creación de la ciudad, se pregunta qué podría haber allí. Evelyn le dice que nunca lo descubrirá, y dispara a Jeanine en la parte posterior de la cabeza.