En la escena inicial, el veterano sacerdote jesuita portugués Cristóvão Ferreira asiste impotente a la tortura de los conversos japoneses a los que había intentado llevar a la fe cristiana.

Unos años más tarde, en el Colegio San Pablo de Macao, un sacerdote jesuita italiano, Alessandro Valignano, recibe la noticia de que Ferreira renunció a su fe en Japón. Incrédulos, los alumnos portugueses de Ferreira, los jóvenes sacerdotes jesuitas Sebastião Rodrigues y Francisco Garupe, parten a buscarlo, guiados por Kichijirō, un pescador varado en Macao. La familia de Kichijirō fue asesinada por ser cristiana y él renunció a su fe para salvarse.

Al llegar a la aldea japonesa de Tomogi, los sacerdotes encuentran a la población cristiana local sumida en la clandestinidad por miedo al "Inquisidor". El pueblo los esconde, pero los sacerdotes se horrorizan cuando llegan los funcionarios japoneses para buscar a los cristianos escondidos y obligarlos a pisar un fumi-e, una imagen tallada de Cristo. Los aldeanos que se niegan son torturados hasta que se ahogan y los cuerpos son incinerados para impedir los entierros cristianos. Garupe parte hacia la isla de Hirado y Rodrigues hacia la isla de Gotō, el último lugar donde se vio a Ferreira. Encuentra la aldea destruida y Kichijirō lo delata ante los oficiales del shogunato. Rodrigues es llevado a Nagasaki, donde es encarcelado. El objetivo del inquisidor, Inoue Masashige, es conseguir que Rodrigues, de fuerte carácter, renuncie a su fe como lo hizo Ferreira. Rodrigues se ve obligado a ver cómo los guardias matan a los demás prisioneros en la costa. Se sorprende al ver a un Garupe demacrado entre ellos; mientras los prisioneros son ahogados para conseguir que Garupe renuncie a su fe, Garupe se niega y trata de rescatar a los prisioneros. En el proceso se ahoga con ellos. La fe de Rodrigues en Dios se tambalea.

Rodrigues es llevado a conocer a Ferreira, que ahora vive en Japón bajo un nombre japonés con una esposa y un hijo heredados. Ferreira apostata mientras es torturado para evitar que los japoneses torturen a los demás prisioneros. Esa noche, Rodrigues es llevado a ver cómo se tortura a cinco cristianos. Ellos ya han apostatado, pero deben permanecer en la fosa hasta que él renuncie; es su apostasía lo que exigen los japoneses. Rodrigues se debate sobre si es egocéntrico negarse a retractarse cuando hacerlo acabará con el sufrimiento de otros. Escucha la voz de Jesús, que le da permiso para pisar el fumi-e, y lo hace.

Al final, Rodrigues se convierte en lo mismo que Ferreira; un sacerdote caído al que se le hace vivir en el campo con un nombre japonés adoptado. También se le hace tomar una esposa y un hijo, heredados de un japonés fallecido. Los conocimientos de los sacerdotes sobre el cristianismo se utilizan para impedir que los comerciantes holandeses de Dejima introduzcan influencias cristianas. Más tarde, Rodrigues oye la voz de Jesús y le aseguran que, en lugar de permanecer en silencio como pensaba Rodrigues, Jesús también sufrió junto a los que fueron asesinados.

A pesar de apostatar, Rodrigues sigue siendo sometido a pruebas periódicas por parte de los funcionarios japoneses para asegurarse de que no practica en secreto. Kichijirō es sorprendido con un amuleto cristiano y se lo llevan, sin volver a saber de él. Rodrigues vive el resto de su vida en Japón. Tras su muerte, su cuerpo es incinerado según los ritos tradicionales japoneses. A su esposa se le permite colocar una ofrenda en su mano para ahuyentar a los malos espíritus: coloca el pequeño crucifijo de fabricación rudimentaria que le fue entregado cuando llegó a Tomogi, lo que indica que en su corazón, Rodrigues siguió siendo cristiano toda su vida.