El Navy SEAL John Kelly y su equipo se convierten en objetivo de los agentes del FSB ruso después de que se produzca un trabajo en Alepo debido a una información errónea. Kelly sobrevive a un ataque a su casa, pero su esposa Pam, embarazada, es asesinada, junto con otros dos miembros del equipo. Kelly se entera del nombre del pistolero superviviente, Viktor Rykov, y recibe autorización para unirse a un equipo de operaciones negras para atrapar a Rykov.

En Rusia, el equipo es derribado del cielo por cazas rusos debido a filtraciones de inteligencia, de las que Kelly culpa al subdirector Robert Ritter, pero éste no es responsable y está igual de decidido a ver a Rykov encerrado. Cuando el equipo va a extraer a Rykov, Kelly va a matarlo personalmente, pero Rykov se ata con un chaleco suicida y revela que trabaja para la CIA antes de inmolarse. Un francotirador empieza a disparar al equipo y pronto se dan cuenta de que les han tendido una trampa para que parezca que han orquestado un ataque extranjero. Kelly ayuda al equipo a escapar.

Kelly se da cuenta de que el plan fue preparado por el Secretario de Defensa Thomas Clay, que quería iniciar una nueva guerra fría para impulsar la economía de Estados Unidos creando un conflicto. Kelly conduce una furgoneta con Clay al río y se prepara para morir él mismo, pero es salvado por la teniente comandante Karen Greer, que le ayuda a fingir su muerte y a establecer una nueva identidad como John Clark. Más tarde le dice a Ritter que planea crear un equipo llamado "Arco Iris".