Desde que era un niño, el asesino conocido como Ojos de Serpiente ha estado obsesionado con encontrar al hombre que asesinó a su padre. Se encuentra con un hombre llamado Kenta, que le ofrece la oportunidad de encontrar al hombre. Tras trabajar junto a la Yakuza durante un breve periodo de tiempo, Kenta ordena a Snake Eyes que mate a su primo, Tommy Arashikage, ya que es un espía de su clan, pero Snake Eyes se niega a matarlo y le ayuda a escapar. A cambio de salvarle la vida, Tommy lleva a Snake Eyes a la casa del clan Arashikage para que se entrene con ellos y se convierta en miembro. La consejera del clan, Akiko, sospecha de las acciones y los motivos de Snake Eyes.

En realidad, Snake Eyes está actuando como un topo para que Kenta se infiltre en los Arashikage y robe un artefacto llamado la Joya del Sol, que es lo que protege al clan, y Kenta quiere utilizarlo para acabar con ellos como venganza por haberle exiliado y hacer que Tommy sea el sucesor del clan. Kenta también trabaja junto a la organización terrorista conocida como Cobra, principalmente con la agente de alto rango Baroness. Después de que Snake Eyes fracase en su desafío final para unirse al Arashikage, se hace con la Joya utilizando la sangre de Tommy, y es atrapado por Akiko, pero consigue escapar.

Snake Eyes entrega la Joya y se encuentra con el asesino de su padre, Augustine. Tras enterarse de que Augustine trabajaba para Cobra y recibió la orden de matar al padre de Snake Eyes, se da cuenta de que Cobra es el verdadero enemigo y va a por Kenta. Tommy y Akiko se alían entonces con Ojos de Serpiente, además de con la agente de GI Joe Scarlett O'Hara y los maestros del clan, así como con la Baronesa, ya que Kenta la traiciona, para luchar contra Kenta y sus hombres, mientras éste utiliza la Joya para incinerar a otros miembros del clan. Después de matar a los hombres de Kenta, Baroness escapa y Tommy intenta matar a Kenta con la Joya, pero Ojos de Serpiente lo persigue y arrastra a Kenta a un pozo de anacondas gigantes (el desafío que Ojos de Serpiente falló) y hace que se lo coma una de las serpientes. Tras ello, la abuela de Tommy le dice que no puede sucederla como líder de la Arashikage por haber intentado quitar una vida. Está indignado y culpa a Snake Eyes por ello, prometiendo matarlo la próxima vez que se vean.

Snake Eyes se entera por Scarlett de que su padre era un Joe que reunía información de Cobra, y que por eso lo mataron. Ella le da su icónica máscara y armadura, y él decide ir a buscar a Tommy. Mientras tanto, Tommy es reclutado por Baroness para unirse a Cobra, y se rebautiza como Storm Shadow.