La película comienza con Dean Keaton (Gabriel Byrne) asesinado a tiros en un barco por un hombre (cuyo rostro no se ve) llamado Keyser Söze. Poco después, el barco explota.

Nos adelantamos a un hombre con discapacidades físicas (un brazo flojo y paralizado) llamado Verbal Kint (Kevin Spacey) siendo interrogado por los agentes Dave Kujan (Chazz Palminteri) y Jeff Rabin (Dan Hedaya). Resulta que Verbal estaba en el barco la noche en que explotó, aunque escapó sin lesiones.

Verbal recibió inmunidad de procesamiento después de explicar los sucesos de la noche en la oficina del fiscal, pero Kujan quiere repasar la historia una vez más.

Mientras tanto, el oficial Jack Baer (Giancarlo Esposito) está tratando de interrogar al otro superviviente de la explosión del barco, un marinero húngaro gravemente herido y que no habla inglés.

Verbal le dice a Kujan que todo comenzó cuando lo trajeron para formar parte de una rueda de reconocimiento junto con otros sospechosos habituales de la policía en relación con un atraco que ninguno de los sospechosos cometió.

El grupo de sospechosos incluyó a los rudos Fenster (Benicio del Toro) y McManus (Stephen Baldwin), al experto en explosivos Hockney (Kevin Pollack) y al ex policía corrupto Dean Keaton.

La novia de Keaton (y la abogada) Edie logra que la policía libere a todos los sospechosos debido a la falta de pruebas. Aunque Keaton está tratando de vivir una vida dentro de la ley debido a su amor por Edie, el arresto lo convence de que la policía nunca lo dejará tranquilo.

Verbal tener una brillante mente para el crimen y convence a los otros sospechosos, incluyendo a Keaton, de que se unan a él en algunos negocios criminales de bajo nivel como una forma de 'venganza' contra la policía.

En última instancia, el grupo roba un cargamento de drogas. Pertenecen al jefe de crimen organizado casi mítico llamado Keyser Söze.

La leyenda dice que Söze es un sociópata, y que cuando su esposa e hijos fueron tomados como rehenes por otro jefe del crimen, Söze mató a su propia familia para eliminar la posibilidad de que eso volviera a suceder.

El abogado de Söze, un hombre llamado Kobayashi (Pete Postlethwaite), se acerca al grupo y se ofrece a dejarlos sin castigo por robar las drogas si destruyen el envío de drogas de un jefe rival. El grupo inicialmente rechaza la propuesta. Pero después de descubrir que Söze tiene archivos de todos los actos criminales que han cometido, un intento fallido de asesinato de Kobayashi (que el grupo cree que en realidad es Söze) y el asesinato de Fenster por los matones de Söze, el grupo acepta.

La noche de la misión, Keaton y McManus asaltan el barco del jefe de la droga rival, matando a marineros y guardaespaldas en el mismo. Debido en parte a su discapacidad física y en parte a su propia cobardía, Verbal simplemente se esconde en el bote para esperar.

Hockney coloca una bomba en el barco, pero un asaltante le dispara y muere poco después. McManus y Keaton pronto descubren que no hay drogas en el barco.

Mientras tanto, el asaltante misterioso asesina a un hombre que estaba escondido en la nave. Keaton va a cubierta para encontrarse con McManus, pero descubre que McManus ha sido apuñalado fatalmente en el cuello. El asaltante lleva puesta una gabardina y un sombrero (se intuye que es Söze) entonces emerge y ataca a Keaton. Aparentemente matan a Keaton. El barco explota poco después.

Verbal culpa a Söze de toda la aventura.

Kujan menosprecia a Verbal y le dice que Keyser Söze no existe y que Keaton organizó todo el plan.

Dice que el hombre que estaba escondido en el barco era un informante que iba a dar a la policía la identidad de Söze. Kujan cree que la descripción hubiera coincidido con Keaton, quien utilizó la leyenda de Söze para ocultar su propia identidad.

Señala que la novia de Keaton, Edie, representaba al informante y que probablemente le había pasado la información del paradero del informante a su novio.

Él dice que Keaton puso en marcha todo solo para subir al barco y matar al informante de la Policia.

Verbal nunca vio a Söze dispararle a Keaton desde su posición estratégica. Kujan cree que Keaton pretendía que Verbal presenciara una muerte falsa para darle la cobertura necesaria para huir del país sin ser perseguido. Kujan libera a Verbal de la custodia, disgustado su testimonio.

Mientras Verbal se aleja del edificio, Kujan y Rabin discuten el caso más a fondo.

Un comentario imprevisto de Rabin hace que Kujan se dé cuenta de que Verbal había embellecido su historia, usando nombres y ubicaciones en su historia que vio en varios documentos y objetos en toda la sala (por ejemplo, 'Kobayashi' era el nombre del fabricante de la taza de café que Verbal estaba bebiendo).

Luego recibe un fax de Baer de un boceto de Keyser Söze basado en una descripción dada por el marino herido. El dibujo coincide con el de Verbal Kint.

Fuera, vemos que Verbal comienza a caminar sin cojear y a usar su brazo sin ningún problema.

Kujan sale corriendo buscando a Verbal, pero ya no está.

Verbal citó una frase antes termina la película: 'el mayor truco que el diablo hizo fue convencer al mundo de que no existía'.