Moldavia, Europa del Este - Base aérea militar de los Estados Unidos - El Dr. Mark Clyne, ingeniero jefe y desarrollador de las gafas UV hiperespectrales utilizadas por las Fuerzas Especiales, es convocado a una zona de guerra para investigar una anomalía desconocida descubierta gracias a su tecnología. El general Orland presenta a Clyne a Fran Madison, de la CIA, y le muestra imágenes clasificadas de una aparente entidad espectral que ataca y mata a los soldados.

S.C.I.F. - Sensitive Compartmented Information Facility - Clyne se entera además de que los muertos por los espectros tienen la piel quemada y los órganos internos congelados. Fran teoriza que los insurgentes han desarrollado una tecnología de camuflaje activo. Los nativos de la zona hablan de los aratari, fantasmas legendarios nacidos de los horrores de la guerra.

Clyne instala una versión sobredimensionada de la cámara de su casco en un vehículo Delta. Mientras Clyne, Fran y el capitán Marco Cabrera vigilan el compromiso desde el convoy, se monta una misión terrestre en una zona insurgente para extraer a los miembros del equipo Utah que sobrevivieron a su anterior misión.

Escondido en una bañera de cerámica volcada, el sargento Comstock resulta ser el único superviviente del equipo Utah. Advierte que su unidad fue atacada por seres sobrenaturales. Los espectros aparecen y comienzan a atacar a los soldados mientras éstos retroceden hasta los vehículos.

Clyne utiliza su cámara para ver mejor a los espectros y confirma que tienen forma humanoide y se comportan como si fueran sensibles. Cabrera es asesinado mientras los vehículos comienzan a abandonar la zona. Las minas terrestres destruyen el convoy, obligando a todos a seguir huyendo a pie.

Clyne, Fran y los soldados supervivientes se reagrupan en una fábrica bombardeada. Utilizando la cámara, todos son capaces de ver que los espectros no pueden atravesar un anillo de limaduras de hierro apiladas en el suelo alrededor del edificio.

El escuadrón encuentra a los jóvenes huérfanos Sari y Bogdan, cuyo padre muerto construyó la barrera de limaduras de hierro. Mientras Clyne reconfigura la frecuencia ultravioleta de su gran cámara para que funcione como un reflector para ver a los espectros, los soldados construyen granadas y municiones caseras con virutas de hierro en la fábrica.

Mientras luchan contra los espectros, todos se dirigen a una zona de aterrizaje cercana con la esperanza de ser rescatados. Los refuerzos de tanques llegan a la zona de aterrizaje mientras la batalla se intensifica. Bogdan es asesinado. Clyne dispersa una ola de espectros esparciendo limaduras de hierro en el viento desde un helicóptero de rescate.

Debido a que la base principal estaba comprometida, el helicóptero escolta a todos a un refugio para civiles. El general Orland y lo que queda de su equipo de la base también llegan al búnker.

Clyne se entera de que el padre de Sari fabricaba contenedores de cerámica en una central eléctrica, que es de donde proceden los aratari. Clyne deduce que los espectros fueron fabricados por el hombre a partir del condensado de Bose-Einstein, un estado de la materia que no es sólido, líquido ni gaseoso. Clyne también se da cuenta de que los espectros no pueden atravesar la cerámica.

Clyne dirige a los soldados en la construcción de armas de descarga plásmica que pueden destrozar el condensado. A continuación, el equipo asalta la central eléctrica para destruir a los espectros en su origen.

Mientras los soldados se enfrentan a los espectros en un tiroteo masivo, Clyne y Fran se abren paso hasta el laboratorio principal. El dúo descubre que los científicos estaban escaneando a los seres humanos a nivel molecular e imprimiéndolos en el condensado. Un fallo catastrófico del sistema liberó a las entidades. A partir de los datos dejados por un científico que intentó un apagado de emergencia, Clyne y Fran descubren cómo desactivar el sistema.

Mientras Fran y los soldados siguen luchando contra los espectros, Clyne empieza a liberar acoplamientos en el núcleo central del laboratorio. Finalmente, Clyne desactiva el sistema y los espectros se disipan.

Clyne y Fran encuentran otra sala en la que los sistemas neurales conservados en cámaras de éxtasis alimentaban a cada espectral. Se dan cuenta de que cada espectral era una persona. A pesar de los contrapuntos de Fran, Clyne apaga la energía de cada sistema porque quiere liberar las almas y evitar que se recree la tecnología.

Un helicóptero extrae a todos a una zona segura. Clyne es enviado de vuelta a casa, a Virginia, mientras los militares inician una misión de ingeniería inversa de la ciencia espectral.