En un viaje europeo con sus compañeros de clase de secundaria, Nick Fury reclutó a Peter Parker (Tom Holland) para luchar contra una nueva amenaza conocida como Elementales, monstruos gigantes basados ​​en los cuatro elementos básicos: aire, agua, tierra y fuego.

También conoce a Quentin Beck (Jake Gyllenhaal), quien se hace llamar Mysterio. Beck dice que los Elementales destruyeron su Tierra en una dimensión alternativa y ellos harán lo mismo con esta Tierra.

Parker y Mysterio se unen para derrotar al cuarto y último elemento, Fuego, en Praga.

Más tarde, mientras celebra en un bar, Parker dice que quiere vivir una vida normal y le entrega a Edith, un par especial de gafas de sol que controla las armas y la tecnología de Stark, a Beck.

Una vez que Parker se va, Mysterio revela que en realidad es un ex empleado de Stark Industries que ha estado utilizando la tecnología de ilusión avanzada para crear los Elementals y a Mysterio.

Beck usa a Edith y su tecnología de ilusión para crear un enorme monstruo en Londres, al mismo tiempo que intenta matar a Peter, MJ y Ned.

Peter derrota a Beck, salva a sus amigos y confiesa sus sentimientos por MJ, quien dice que a ella también le gusta.

Escena a mitad de los créditos: Las noticas muestra un mensaje final de Mysterio que culpa a Spider-Man por el ataque y también revela la identidad secreta de Peter Parker.

Escena de post-créditos: Nick Fury y Maria Hill se revelan como Talos y otro Skrull, que estaban disfrazados durante toda la película. Talos llama al verdadero Nick Fury, que ha estado de vacaciones en una estación espacial con el resto de los Skrulls.