En el Oeste americano del siglo XIX, un joven potro Kiger Mustang, Spirit, nace en una manada de caballos salvajes. Spirit se convierte en semental y asume el liderazgo de la manada. Una noche, al seguir una extraña luz cerca de su manada, Spirit encuentra a los caballos encadenados y a sus cuidadores durmiendo alrededor de una hoguera. Éstos se despiertan y, al verlo como un magnífico ejemplar, lo apresan, llevándolo a un fuerte de la caballería estadounidense.

En su cautiverio, Spirit se encuentra con "El Coronel", que ordena domar al mustang; sin embargo, Spirit rechaza todos los intentos de domesticarlo. Para debilitar a Spirit, el Coronel ordena que lo aten a un poste durante tres días sin comida ni agua. Mientras tanto, un nativo americano lakota llamado Little Creek también es llevado al fuerte y mantenido cautivo. Más tarde, Spirit es supuestamente domado por el Coronel, que expone su idea de cómo se puede domar a cualquier caballo salvaje. Spirit se anima y finalmente lo echa. Humillado, el Coronel intenta dispararle antes de que Little Creek (que se libera de sus ataduras con un cuchillo) salve a Spirit de ser disparado mientras escapan del puesto. La yegua de Little Creek, Rain, les sale al encuentro junto con otros nativos, que rápidamente recapturan a Spirit.

Tras regresar a la aldea lakota, Little Creek intenta domesticar a Spirit con amabilidad, pero éste no está dispuesto. Little Creek ata a Spirit y a Rain con la esperanza de que ella pueda disciplinarle. En el proceso, Spirit se enamora de Rain. Mientras tanto, un regimiento de caballería dirigido por el Coronel ataca la aldea. Durante la batalla, el Coronel intenta disparar a Little Creek, pero Spirit ataca al Coronel y a su caballo, desviando el disparo. En cambio, Rain recibe un disparo y es arrojado a un río. Spirit corre detrás de Rain, pero ambos se precipitan por una cascada. Spirit rescata a Rain y se queda a su lado hasta que la caballería lo recaptura. Little Creek atiende entonces a Rain y jura liberar a Spirit.

Spirit es obligado a trabajar en el ferrocarril transcontinental, donde tira de una locomotora de vapor. Sintiendo que la vía va a invadir su tierra natal, Spirit se libera del trineo y rompe las cadenas de otros caballos. Escapan, y la locomotora se cae de su trineo de madera y choca con otra locomotora, provocando una explosión que hace arder el bosque. Spirit queda atrapado cuando la cadena que lleva al cuello se engancha en un árbol caído. Little Creek interviene y juntos saltan a salvo a un río.

A la mañana siguiente, el Coronel y su caballería encuentran a Spirit y a Little Creek y se produce una persecución por el Gran Cañón, donde quedan atrapados por un desfiladero. Arriesgándose, Spirit consigue cruzar el desfiladero de un salto. El audaz movimiento de Spirit sorprende al Coronel; éste acepta humildemente la derrota y los deja en paz. Little Creek regresa a la aldea Lakota con Spirit y encuentra a Rain recuperando su salud. Little Creek bautiza al semental como el "Espíritu-que-no-se-puede-romper". Entonces, Little Creek suelta a Spirit y a Rain y se despide de ellos. Parten hacia la tierra natal de Spirit, donde acaban integrándose en la manada de Spirit.

Un águila calva (vista en varios momentos de la historia) reaparece y se eleva hacia las nubes en forma de caballo.