En la nación de Shadaloo, en el sudeste asiático, ha estallado una guerra civil entre las fuerzas del general M. Bison, convertido en capo de la droga, y las Naciones Aliadas, dirigidas por el coronel William F. Guile. Bison ha capturado a varios trabajadores de ayuda de las Naciones Unidas y, a través de una emisión de radio bidireccional en directo, exige a Guile que consiga un rescate de 20.000 millones de dólares en tres días. Guile se niega y se compromete a localizar a Bison y llevarlo a juicio por sus crímenes, pero su ayudante, el sargento Cammy White, sólo es capaz de localizar parcialmente a Bison en la región del delta del río a las afueras de la ciudad. Uno de los rehenes es el amigo de Guile, el sargento Carlos "Charlie" Blanka, a quien Bison ordena llevar a su laboratorio para que su médico y científico cautivo, Dhalsim, lo convierta en el primero de sus supersoldados. Aunque Charlie queda gravemente desfigurado por el procedimiento, Dhalsim altera en secreto su programación cerebral para mantener la humanidad de Charlie.

Los estafadores estadounidenses Ryu Hoshi y Ken Masters intentan estafar al traficante de armas Viktor Sagat proporcionándole armamento falso. Sagat se da cuenta del engaño y hace que Ryu luche contra su campeón de la jaula, Vega, pero Guile irrumpe y arresta a todos los presentes por violar el toque de queda. En los terrenos de la prisión, Guile es testigo de cómo Ryu y Ken luchan contra los hombres de Sagat, y los recluta para que le ayuden a encontrar a Bison a cambio de su libertad, ya que Sagat es el proveedor de armas de Bison. Les dan un dispositivo de localización y se ganan la confianza de Sagat organizando una fuga de la prisión y fingiendo la muerte de Guile. Sin embargo, la reportera Chun-Li, cuyo padre fue asesinado por Bison, y su equipo, el ex luchador de sumo Edmond Honda y el boxeador Balrog, que quieren vengarse de Sagat por haber arruinado sus carreras, descubren el plan. A pesar de las objeciones de Guile, intentan asesinar a los dos señores de la guerra en una fiesta. Para mantener la confianza de Bison, Ryu y Ken detienen el asesinato y revelan a los conspiradores a Bison.

Al regresar a su base, Bison induce a Ryu y Ken en su organización y ordena que Honda y Balrog sean encarcelados y que Chun-Li sea llevada a sus cuarteles. Ryu y Ken sacan a Balrog y a Honda de su encierro y corren a enfrentarse a Bison, que está luchando contra Chun-Li, pero Bison escapa y libera gas somnífero, sedándolos a todos. Guile planea su asalto a la base de Bison. El subsecretario de la A.N. se lo impide y le informa de que se ha decidido pagar el rescate a Bison, pero Guile y sus tropas leales siguen adelante con la misión. En la base, Dhalsim es descubierto por un guardia de seguridad; durante la consiguiente pelea, Charlie es liberado y mata al guardia para proteger a Dhalsim. Guile llega y se cuela en el laboratorio, donde se encuentra con Charlie. Guile se dispone a disparar a Charlie para acabar con su sufrimiento, pero Dhalsim lo detiene. Bison se prepara para matar a los rehenes soltando a Charlie sobre ellos, pero Guile emerge y se enfrenta a los guardias de Bison hasta que llegan las fuerzas restantes de A.N. Después de que Bison deje claro que no se rendirá pacíficamente, Guile ordena a sus aliados que rescaten a los rehenes y se enfrenta a Bison en un duelo personal. Mientras Guile y Bison luchan, Ryu y Ken derrotan a Sagat y Vega. El experto informático de Bison, Dee Jay, huye por un pasadizo secreto, acompañado por Sagat. El guardaespaldas de Bison, Zangief, se enfrenta a Honda hasta que se entera por Dee Jay de que Bison era el verdadero enemigo, y se pone del lado de Ryu y Ken para salvar a los rehenes.

Guile se impone a Bison y lo golpea contra un banco de discos duros, electrocutándolo. Un sistema de reanimación restablece a Bison y éste revela que su traje incluye avanzados mecanismos automáticos de primeros auxilios y armamento eléctrico, incluyendo botas superconductoras que le permiten volar. Estos artilugios permiten a Bison ganar ventaja y golpear a Guile con saña. Cuando se dispone a asestar el golpe mortal, Guile contraataca pateando a Bison contra la pared de su monitor, que explota, matándolo aparentemente y sobrecargando el sistema de almacenamiento de energía superconductor de la base. Los rehenes son rescatados, pero Guile se queda para convencer a Dhalsim y Charlie de que vuelvan con él. Ellos se niegan, ya que Dhalsim desea expiar su responsabilidad en la mutación de Charlie. Guile huye de la base que ha explotado y se reúne con sus compañeros.

En una escena posterior a los créditos, el aparentemente fallecido Bison vuelve a revivir en medio de su centro de mando en ruinas para volver a intentar la conquista del mundo.