La película se abre con un primer plano de unos dedos escribiendo furiosamente en un teclado. Se están borrando archivos de un sistema. Una figura con gafas revisa unos frascos, algunos de los cuales presentan la calavera y las tibias cruzadas. Un plano revela que es el padre de Peter Parker, Richard. De repente, su acceso al ordenador se corta y no puede completar su misión de destruir los archivos del proyecto. Richard sale corriendo del edificio de Oscorp de camino a casa de Peter y su mujer, Mary.

Richard está grabando un mensaje con una cámara web. "La gente dirá que soy un monstruo por lo que he hecho..." Oye que Peter le llama y corta su mensaje. Al salir del sótano, ve que la casa ha sido saqueada. Alguien está buscando los archivos que se llevó. Un coche se detiene mientras Mary se despide de Peter. Richard se la lleva. Peter está claramente angustiado. Toca la mano de Richard por última vez y los mira fijamente desde la puerta principal.

Richard y Mary están en un jet privado. Mary menciona que ha encontrado un lugar seguro para ellos mientras Richard carga los archivos del proyecto desde su portátil. Él intenta tranquilizarla, explicándole que su vida ha cambiado para siempre. Richard no quiere hacer pasar a Peter por eso. Mary entra en el baño justo cuando uno de los miembros de la tripulación sale de la cabina. Richard se muestra MUY receloso y desconfía del comportamiento del tipo. De repente, el tipo de la tripulación saca una pistola y amenaza a Richard. Encierra a Mary en el baño y se prepara para disparar a Richard. Mientras Richard carga el archivo, Mary se da cuenta de que algo va mal y estalla. Se produce un forcejeo y Mary recibe un disparo. Richard vence desesperadamente al matón. Mary le recuerda a Richard que debe terminar de cargar el archivo justo cuando el matón vuelve a la vida.

Se pelean mientras vemos que el piloto está muerto y el avión cae en picado. El matón vuelve a apagar el portátil mientras Richard se da cuenta de que su destino está sellado. Mary está muerta; no hay forma de salir... Sin embargo, hay que completar la carga de archivos a Roosevelt. Richard sale disparado por la ventana y se aferra al portátil con el cable Cat-5 más potente que existe. Thug sale volando por la ventana hacia su muerte y Richard confirma que el archivo se ha transferido. El avión cae en picado hacia su perdición y se corta a negro.

Presente

La música suena mientras la cámara sigue a Spider-Man cayendo a la tierra. Una impresionante secuencia sigue a Spider-Man jugando con sus telarañas por la ciudad. Escucha la radio de un helicóptero anunciando un cargamento de plutonio que está siendo asediado en Oscorp. Spidey entra en acción para ayudar. Un tipo calvo con acento ruso (Paul Giamatti) conduce una gran grúa. Está golpeando un montón de vehículos de Manhattan mientras remolca/apunta el camión de Oscorp. Unos ayudantes armados colocan explosivos para volar la escotilla mientras el ruso arrolla a los coches de policía. Spidey se balancea de forma impresionante a través de los edificios en su persecución.

Los matones vuelan la escotilla y suben a la furgoneta. Hay un contenedor de viales amarillentos que son su objetivo. Spidey se sube a la grúa y entabla algunas bromas arácnidas con el ruso (que claramente no tiene ni idea de quién es). Mientras los matones se preparan para secuestrar el plutonio, vemos a un empleado de Oscorp, Max (Jamie Foxx), que se abre paso entre la multitud con un brazo lleno de planos. Naturalmente, las huellas se le caen de las manos y ruedan hasta la calle, justo cuando Spidey y el ruso doblan la esquina. Spidey salta al rescate y evita que Max sea aplastado por un taxi. Spidey le entrega los planos y señala que trabaja en Oscorp antes de alejarse de un salto.

El ruso, claramente ignorante de los peligros del material radiactivo, choca contra un montón de coches, lanzando a los matones y el P-238 en la furgoneta. Decenas de coches de policía chocan contra la furgoneta inmovilizándola. Los matones salen de la furgoneta disparando a los policías con armas automáticas. Los hilos de telaraña se disparan desde arriba, arrastrando a los matones y suspendiéndolos sobre los policías. El ruso aprovecha su oportunidad para escapar. La P-238 rebota por todas partes mientras Spidey intenta evitar el desastre, atrapando, haciendo malabares y balanceándose como un candelabro. Mientras se lanza a recuperar una última ampolla, suena su teléfono. Gwen está en la graduación esperándole. Llega muy tarde. Mientras bromea con Gwen, imagina que ve a su padre desaprobando en un coche patrulla de la policía de Nueva York. Recuerda su promesa incumplida de dejar a Gwen en paz.

Gwen es llamada para dar su discurso de despedida. Peter no está allí. Vuelve a la persecución del camión. La siguiente secuencia rebota entre el discurso y Spidey intentando detener el camión. El sentido arácnido de Parker se dispara en una toma a cámara lenta mientras salta sobre un autobús para proteger a unos peatones. FINALMENTE, Spidey somete al ruso, coge la P-238, llega a la graduación y besa a Gwen en el escenario. VAYA.

La tía May toma fotos del nuevo graduado antes de enviarlo con Gwen. Quedan para las 8 de la tarde. Peter vislumbra al Capitán Stacey junto a su familia y escucha su voz en su cabeza. Peter se presenta a la cita, pero no entra. Gwen se encuentra con él en la puerta y vuelven a hablar de su padre y de la promesa que hizo Peter. Peter está desgarrado, pero Gwen no lo acepta. Peter la quiere, pero no podría soportar perderla por sus acciones. Gwen decide romper con él. Ha terminado.

A la mañana siguiente, Parker se encuentra en otra patrulla urbana visualmente impresionante. Cayendo y balanceándose mientras el viento ondula su traje de Spidey. Mientras suena un programa de radio de fondo, S-M rescata a un niño de primaria y su proyecto de ciencias. Anima al niño, como hizo con Max al principio de la película. UNIDAD DE LOS NERDOS Durante un extenso montaje, se producen debates en la radio mientras él salva a una chica, se cambia de ropa, salva una bodega y se relaciona con neoyorquinos disfrazados. Por supuesto, sigue echando un ojo a Gwen de vez en cuando.

Después de una bonita escena con la tía May, vemos a Max Dillon, que ha enloquecido tras su encuentro casual con Spider-Man. Parece haber creado un personaje alternativo de Spidey con el que se involucra en una fantasía meticulosamente elaborada. Oscorp está desarrollando un nuevo sistema de red eléctrica y Max forma parte del equipo. El delirio de Max puede haberse extendido también a su vida laboral. Comparte un ascensor con Gwen, con quien comparte su historia de Spiderman. Sin saberlo, Gwen aprecia su fascinación.

Corte a Harry Osborn visitando a su padre enfermo. Norman tiene un aspecto horrible; su piel está descolorida y sus manos parecen garras. Está postrado en la cama y parece estar al límite de sus fuerzas. Norman se burla de Harry por no haber conseguido más. Tienen una relación fracturada. Es tan amarga como la enfermedad de Norman. Insinúa que Harry sucumbirá al mismo destino. Pide ver la mano de Harry y nota que le tiembla... un síntoma de la enfermedad. Le entrega a Harry un disco con su investigación. Minutos después, un noticiero anuncia la muerte de Norman Osborn.

Gwen recibe un rápido mensaje sobre buenas noticias en relación con su beca mientras que a Max le dicen que se quede para comprobar un problema con la red de energía bioeléctrica. La sala es un caos de tanques de anguilas eléctricas y equipos extraños. Max intenta reparar el sistema, pero acaba electrocutándose y cayendo en el tanque de anguilas. Su transformación ha comenzado.

Corte a una sala de juntas, donde Harry está siendo informado de varios problemas de Oscorp. Da vueltas a la unidad mientras responde a la información. No le importa nada. Harry se da cuenta de que la Junta no le respeta. En consecuencia, arremete con su desprecio hacia ellos, elevando a la asistente de su padre, Felicia (¿Hardy?) como su segunda al mando. El encanto no viene de familia. Se anuncia a Peter Parker, levantando las cejas en la sala. Harry sale a ver a Peter. Hace años que no se ven. Ha venido a ver a su viejo amigo tras el fallecimiento de su padre. Después de un momento incómodo, los amigos se reconectan entre risas.

El corte es en el parque, donde Harry y Peter se ponen al día. Harry parece realmente feliz de alejarse de su drama de Oscorp y pasean juntos por la ciudad. Harry se disculpa por el distanciamiento de su relación, lo que lleva a una conversación sobre el motivo por el que los padres de Peter se fueron. Una furgoneta vigila su conversación, que se convierte en una discusión sobre el accidente de Max. Lo dan por perdido para evitar otro escándalo.

Corte al laboratorio donde se ha escondido el cadáver de Dillon. En medio de una interferencia eléctrica, el cuerpo de Dillon se reanima en una lluvia de chispas. Las herramientas eléctricas cobran vida cuando Dillion descubre la naturaleza de sus poderes. Agarrando un abrigo, sale a trompicones del laboratorio.

Corte al encuentro de Peter con Gwen en la ciudad. Parece que se están reconciliando. Tienen verdadera química y ambos parecen mucho más felices en presencia del otro.

Dillon sale a la calle e inmediatamente hace saltar todas las alarmas de los coches. Le quita la electricidad a un coche. Al mirar hacia arriba, ve la ciudad como una matriz de energía eléctrica. Max Dillon quiere más y se dirige a Times Square.

Volvemos con Pete y Gwen. Él admite que la ha estado vigilando. Ella sabe que sigue enamorado de ella. Es un momento agradable. "Es lo más parecido a estar contigo". De repente, Gwen suelta una bomba. Esa llamada telefónica era sobre una beca para Oxford. Es una de las dos finalistas y podría ir a Inglaterra. Mientras Peter trata de procesar la noticia, su sentido arácnido se dispara. Mira hacia Times Square.

Max coge una toma de corriente para absorber la energía. No parece tener más motivación que la de absorber la energía. Un policía le exige que se detenga y Max, sin darse cuenta, voltea un gran camión con sus poderes electromagnéticos. Mientras una flota de coches de policía le rodea, se vislumbra en los grandes monitores de televisión. Es la atención y el estrellato que ha anhelado toda su vida. Sus emociones explotan desencadenando una ola de energía que hace saltar los coches de policía. Spidey se abalanza para atrapar uno antes de que aplaste a un policía y trata de convencer a Max.

El mero hecho de ver a su héroe parece mejorar su estado mental. Spidey trata de convencerle de que se calme, rogándole a los francotiradores que dejen de disparar. Desgraciadamente, le disparan y lo hacen estallar. Mientras la multitud se une a la Araña, el diálogo interno de Max se dispara. Convencido de que le han traicionado, coge unos cables eléctricos, se los clava en el pecho y absorbe enormes cantidades de electricidad en su cuerpo. Times Square se queda a oscuras y Electro envía una ráfaga de energía que hace pedazos la manzana. Electro envía rayos a la multitud que grita, levitando con la fuerza electromagnética. Spidey le rocía una manguera de incendios, desbaratando el poder de Electro y enviándolo en picado a la tierra. Electro cae en picado y Spidey se dirige a su casa para ver las noticias sobre la pelea.

Mirando a su lanzador de telarañas estropeado, Peter se consume por resolver el misterio de la desaparición de su padre. Comienza a investigar febrilmente en Internet tratando de unir los puntos.

Corte a Harry sentado en una cavernosa oficina. Está escuchando la cobertura de las noticias jugueteando con el disco que le dejó su padre. Siente un picor en la nuca y, al estirar la mano para rascarse, el disco se pincha en el dedo. Al caer sobre el escritorio, el disco provoca una reacción con la pantalla del escritorio y comienza a escupir información sobre una armadura de batalla secreta. Harry mira más archivos y ve un vídeo de Richard Parker explicando la investigación sobre arañas mutantes...

Corte a Peter experimentando con formas de Electro-prueba de sus tiradores de telaraña electrónicos viendo videos de YouTube... A la mañana siguiente, su teléfono suena. Es Harry pidiendo verle. Harry dice que se está muriendo y necesita la ayuda de Peter para salvar su vida. En la oficina de Harry, se reproduce un vídeo de Richard y Norman. Están hablando de cómo las arañas podrían fusionarse con el dan humano para lograr curas milagrosas. Harry está convencido de que Spider-Man es la clave del éxito. Harry necesita encontrar a Spider-Man y experimentar con su sangre para encontrar una cura.

Mientras tanto, Gwen empieza a buscar en los archivos de Oscorp para encontrar a Max Dillon. Cree que él podría ser la criatura eléctrica que atacó la ciudad.

Vuelve a ver a Harry, que cree que Peter tiene una relación con Spiderman. Necesita que Peter los ponga en contacto. La escena va y viene entre Harry/Peter y la gente de seguridad que sigue las investigaciones de Gwen. Comienzan a perseguirla y ella se topa con Peter. Entrando en un almacén, le explica que sabe quién es Electro. Peter le explica que Harry quiere la sangre de Spiderman y teme las consecuencias. Pero volviendo al tema, Peter no quiere que Gwen vaya a Inglaterra. Se besan e intentan salir del edificio. Gwen sube a un ascensor con... HARRY OSBORN.

Corte a una toma exterior de la institución Ravencroft, donde Dillon ha sido recogido y almacenado. Claramente, este no es un lugar benévolo. El Dr. Kafka explica que quiere ayudar a Dillon. Max se muestra incrédulo al reconocer la tecnología de Oscorp. Tras algunos intentos de evaluar los límites de sus poderes, Dillon se bautiza como Electro. El ejecutivo de Oscorp Menken (Colm Feore) ordena que lo apaguen y Electro es colocado de nuevo en la cámara de agua neutralizadora.

De vuelta a la casa de Peter, la tía May se encuentra en medio de la red de conspiración de Peter sobre sus padres. Él se enfrenta a ella sobre la verdad y exige respuestas. Ella le explica que lo dejaron en su casa sin ninguna explicación. Comienza a divagar con frustración y no quiere revelar nada más sobre sus padres. Peter le explica que no quiere sustituirla, sólo necesita saber la verdad. May cede y le cuenta que unos funcionarios del gobierno vinieron a verlos. Afirmaron que los padres de Peter eran traidores. Esto no tiene sentido para ninguno de los dos.

Corte a la casa de Harry. Tiene un aspecto horrible. Spiderman se ha dejado caer para explicarle que no es posible darle su sangre. Podría tener efectos secundarios mortales. A Harry no le importa. Quiere la sangre, sin importar el costo. Harry está al borde del abismo. Está desesperado y Peter se da cuenta de que ha cometido un error. Está a punto de cometer otro al interrumpir a Gwen mientras se dirige a su entrevista para la beca. A pesar de romperle el corazón, le desea suerte en la entrevista.

Desahoga su frustración en su red de conspiración, destrozándola. En medio del desmantelamiento, golpea un frasco de fichas de metro que desencadena un pensamiento. Investigando el metro, descubre una estación secreta que se utilizó para transportar al presidente ROOSEVELT... el mismo nombre al que Richard intentaba enviar los datos en la escena inicial.

De vuelta a Oscorp. Harry está en un ataque de borrachera. Está seguro de que su destino está sellado desde que las super arañas fueron destruidas. Felicia, sin embargo, cree que todavía hay una oportunidad. Al parecer, Oscorp extrajo el veneno como medida de seguridad antes de matar a las arañas. Harry comienza a revisar los archivos para encontrar el alijo de veneno. Al parecer, Menken ha estado utilizando la autorización de seguridad de Harry para dirigir la división de Proyectos Especiales fuera de los libros en Ravencroft. Harry mira las imágenes de Electro mientras Menken irrumpe en su oficina. ¡Es una trampa! Menken utiliza el fiasco de Electro para destituir a Harry de su trabajo y hacerse con el control de Oscorp.

Peter está en los túneles del metro buscando el laboratorio de su padre. Descubre la estación Roosevelt y activa un interruptor con una ficha. Poco a poco, las vías se abren para revelar un vagón de laboratorio subterráneo que ruge a la vida. Toda la investigación de su padre está aquí y la descarga del archivo se completó hace años. El vídeo de Richard explica las nefastas acciones de Norman Osborn mientras proclama su propia inocencia. Richard Parker se negó a que su investigación fuera utilizada para armas biológicas.

En Ravencroft, Harry irrumpe para reunirse con Electro, aturdiendo a dos guardias y tomando sus placas de acceso. De vuelta con Peter, Richard anuncia que utilizó su propio ADN con las arañas, lo que significa que sólo alguien con SU línea de sangre puede replicar los experimentos. Por eso sólo Peter podría heredar los poderes de Spiderman sin sufrir daños...

Harry corre por las instalaciones de Ravencroft activando una alarma de incendio...

Peter ve como su padre dice que Peter es lo más importante para él, haciendo que Peter se eche a llorar...

Harry se despoja de su disfraz y entra en la cámara donde está retenido Electro. Anula la sedación de Electro. Harry negocia con Electro para que acabe con Oscorp por él. Harry apela a la desesperada necesidad de amistad de Max y acuerdan acabar con Spiderman juntos... Por supuesto, Electro se venga de Kafka antes de escapar con Harry.

Mientras tanto, Peter sale de la estación de metro y recibe un mensaje de voz de Gwen. Ha sido aceptada en Oxford y ya se dirige al aeropuerto para evitar una despedida cara a cara.

En Oscorp, Electro mata al guardia de seguridad de Menken antes de que Harry entre y obligue a Menken a darle acceso a Proyectos Especiales. Electro sale corriendo a reclamar su diseño de red eléctrica robado y a paralizar la ciudad. En Proyectos Especiales, Harry se inyecta la "cura" de veneno de araña, lo que desencadena una dolorosa transformación en el Duende Verde mientras Menken escapa. Harry sufre un dolor extremo y mira hacia arriba para ver la armadura especial del vídeo del disco duro. Arrastrándose dolorosamente mientras la luz verde parpadea a su alrededor, se dirige hacia el traje. Al entrar en él, un protocolo de curación comienza a reparar los daños en su sistema devastado.

Corte a Gwen, atrapada en el tráfico del puente de camino al aeropuerto. Spiderman ha colocado una nota de amor en el puente que hace que Gwen salga de su taxi. La coge y la lleva a hablar. Está enamorado de ella y tienen la "charla de amor de película" en lo alto del puente. Peter se irá a Inglaterra para estar con ella. Mientras se besan, Electro derriba la red eléctrica de la ciudad, envolviendo a Nueva York en la oscuridad (y complicando gravemente el tráfico aéreo). Gwen dice que hay un interruptor de reinicio en la planta, pero si Electro lo fríe, la ciudad nunca volverá a funcionar. La inteligente Gwen también se da cuenta de que Peter puede poner a prueba de Electro sus lanzadores de telarañas magnetizándolos. Lo hacen con los cables de arranque de un coche patrulla y Peter sujeta a Gwen con telarañas a un coche por seguridad.

Electro es un campo viviente de electricidad que empequeñece manzanas enteras de la ciudad. Desafía a Spider-Man a saldar sus cuentas, lo que desencadena una deslumbrante secuencia en la que Spidey salta alrededor de la explosión de Electro y se agarra a sus telarañas como un loco.

Mientras tanto, el vuelo se está desesperando por contactar con el control de tierra. Sus propios instrumentos están siendo afectados por el campo de Electro. Además, OTRO vuelo está en una trayectoria de intercepción.

Spidey intenta cortocircuitar a Electro, pero éste se ha vuelto demasiado poderoso... Intercambian golpes y Electro escupe literalmente electricidad sobre la cabeza de Spidey. El truco de magnetización de Gwen funciona, lo que permite a Peter arrojar a Electro a la red eléctrica y obtener un momento de respiro. Desgraciadamente, Electro vuelve en segundos y empieza a golpear a Peter mientras éste rebota entre las torres de la red. Spidey está recibiendo una buena paliza hasta que Gwen atropella a Electro con un coche del escuadrón. Gwen insiste en quedarse y elaboran un plan para derrotar a Electro. Spidey lo distraerá mientras Gwen reinicia el sistema. Es una secuencia de lucha impresionante con Spidey usando su sentido arácnido para evadir la electrocución.

Spiderman crea una telaraña para canalizar la energía de Electro y le indica a Gwen que pulse el interruptor. La reacción restablece la energía de la ciudad y aparentemente destruye a Electro. La energía restaurada evita la colisión del avión y todo parece ir bien. Hasta que... Harry llega gritando en su planeador de duendes, cacareando maníacamente. Al verlos a los dos juntos, Harry se da cuenta de que Peter es Spiderman y decide hacerle daño a Gwen. Peter le suplica que deje ir a Gwen. Harry le obliga, dejándola caer desde su planeador. Peter salta para salvarla, pero Harry lanza una bomba calabaza para terminar el trabajo. Se produce una lucha furiosa y rápida, en la que Harry y Peter se enfrentan mientras Gwen intenta evitar convertirse en un daño colateral.

Gwen cae y Peter le lanza una telaraña que detiene su descenso. Harry se abalanza y sujeta a Peter a la rueda de un reloj. Como el mecanismo se mueve, cortará su telaraña y enviará a Gwen a su destino. Peter ata a Harry y pone su pie en el mecanismo para salvar a Gwen, pero es inútil. La rueda gira, la telaraña se rompe y Gwen cae. El daño del reloj acaba con Harry y Peter salta entre los restos para salvar a su amor. La telaraña se engancha, pero el impacto le rompe el cuello... matándola al instante. La pose imita a la perfección el cómic. Peter acuna suavemente su cuerpo sin vida, suplicando que se quede con él.

Corte a su funeral. La Sra. Stacy está devastada. Peter y la tía May se quedan atrás hasta que la familia se va. Peter se sienta solo en su tumba y una serie de tomas lo muestran velando su sitio durante un período de días... meses...

Corte a Ravencroft. Harry está en una celda. Un visitante envuelto en sombras discute un plan. Spiderman está desconsolado y fuera de combate. Harry tiene un plan y quiere "mantenerlo pequeño". Al parecer, todo lo que necesitan está en Oscorp.

Corte a una toma de la torre de Oscorp. El Sr. Fliers (el hombre en la sombra) camina por una sala con equipo especializado. Brazos de pulpo, alas de buitre, traje de rinoceronte... Lo sacarán y lo pondrán contra la ciudad. Un noticiario indica que lleva cinco meses desaparecido. La tía May expresa su preocupación por la desaparición de Spiderman. Peter está consumido por el remordimiento, pero coge una memoria USB y ve el discurso de Gwen. Recordando su valentía, abre su armario y coge el uniforme.

El Rino acaba de robar un banco y está arrasando la ciudad. Su armadura superior atraviesa a los policías. Inspirado por su héroe, el chico de la feria de ciencias se ha puesto el traje de Spidey y sale corriendo para enfrentarse al Rino. Improbablemente, Rhino muerde el anzuelo y marcha hacia él. Hasta que el verdadero Spiderman se abalanza sobre él. Rhino carga... Spidey hace girar la tapa de la alcantarilla y pasamos a la secuencia de créditos...

Escena post créditos

Una escena de adelanto de X-Men: Days of Future Past. Unos soldados están retenidos en una cabaña. Parecen mutantes. Un oficial entra mientras un tipo de las fuerzas especiales da órdenes de que sean trasladados. El "oficial" cuestiona la autoridad de las fuerzas especiales, transformándose rápidamente en Mística. El Sapo saca la lengua agarrando un arma, mientras Plaga? hace que algunos tipos enfermen y alguien con poderes de vértigo? hace que los otros tipos se mareen. Finalmente, Havok? hace estallar a los demás soldados. Preguntando por Erik (Magneto), Mística dice que ahora está sola. Se dirigen a un avión militar y se preparan para despegar.