23 de octubre de 1960 - El padre Thomas Riley y el padre John Thornton investigan una reclamación anónima de una estatua de la Virgen María que llora sangre en una lavandería de Magdalena en Irlanda. La Madre Superiora intenta decir a los dos sacerdotes que fueron atraídos por un engaño, pero continúan investigando el asilo.

Durante dos noches, el Padre John escucha extraños sonidos y ve visiones de niños fantasmas jugando en los pasillos. Las antiguas dudas del Padre Thomas sobre los milagros y el mal le mantienen convencido de que un embaucador está detrás de esta extraña actividad.

Al tercer día, todas las estatuas de la Virgen María del asilo empiezan a sangrar al mismo tiempo. El Padre Thomas analiza la sangre y descubre que proviene de una mujer embarazada. El Padre Thomas compara las muestras con la sangre de los reclusos y de las monjas, pero no encuentra ninguna coincidencia.

Una monja confiesa en privado que ella fue la persona que contactó con la iglesia para investigar la estatua llorona. La monja advierte al Padre Thomas que hay una joven embarazada llamada Kathleen O'Brien retenida en una habitación secreta del sótano.

A pesar de las severas objeciones de la Madre Superiora, el Padre Thomas insiste en ver a Kathleen. El Padre Thomas exige la liberación de Kathleen cuando la ve demacrada, con cicatrices y encadenada en una habitación sucia. Sin embargo, Kathleen inmediatamente muerde a una de las monjas, obligándola a ser encerrada una vez más.

El Padre Thomas entrevista a Kathleen, que afirma estar poseída por una entidad desconocida. Kathleen le dice algo al Padre Thomas en griego. El sacerdote intenta rezar con Kathleen, lo que hace que una monja cercana experimente repentinamente un intenso dolor.

Todas las estatuas de la Virgen María del edificio se rompen de repente. El Padre Thomas y el Padre John siguen una visión fantasmal abajo a una habitación que alberga un altar satánico. El Padre Thomas recupera a la Madre Superiora para volver con él a la habitación sólo para encontrar que toda la evidencia de la masa negra inexplicablemente se ha desvanecido.

El Padre Thomas interviene cuando Kathleen intenta cortar a su bebé. El doctor Cleary examina a la niña y declara que aunque está embarazada, también parece ser virgen.

Kathleen levita de su cama. Su mano también estalla en llamas durante otra instancia de actividad sobrenatural.

En respuesta a lo que Kathleen le dijo en griego, el Padre Thomas le confiesa al Padre John que era huérfano. El Padre Thomas especula que pudo haber nacido en el mismo asilo.

Kathleen dice crípticamente algo a los sacerdotes sobre los bebés que son asesinados en el asilo. El Padre Thomas se enfrenta a la Madre Superiora con registros falsos de niños desaparecidos. La Madre Superiora explica que vendió los bebés para financiar el asilo.

Kathleen se pone de parto. La Madre Superiora da a luz al bebé invisible. Kathleen muere.

El Padre Thomas y el Padre John siguen las visiones de más niños fantasmas por todo el edificio y encuentran una monja asesinada. Los dos sacerdotes exploran un pasaje secreto que conduce a una serie de túneles donde descubren varios esqueletos de niños pequeños.

Los dos sacerdotes se separan cuando una monja los ataca. El Padre John es asesinado. Después de grabar un confesionario, el Padre Thomas encuentra un altar satánico donde antes había un bebé.

Mostrando signos de posesión, la Madre Superiora dice, "bienvenido a casa Thomas" y de repente ataca al sacerdote. Después de que el Padre Thomas se cae, se escucha a la Madre Superiora haciendo callar a un bebé que llora.