Tanto Nancy (Jodie Foster) como el coronel Couch (Benedict Cumberbatch) se encuentran con una importante revelación en el caso de Mohamedou (Tahar Rahim); ella la recibe en una carta de Mohamedou, mientras que Couch se entera de ella por un MFR que formaba parte del caso y que, por cierto, sus superiores, el general Mandel (Matthew Marsh) y el coronel Seidel (Core Johnson), se empeñaron en que no se conociera.

Seidel (Corey Johnson), se empeñaron en que no se supiera: los militares acabaron interviniendo y quitaron los procedimientos contra Mohamedou de las manos de los interrogadores civiles, con lo que se produjo una escalada de brutales torturas físicas, psicológicas e INCLUSO SEXUALES -con imágenes de una guardia femenina violándolo abiertamente-, todo ello bajo el consentimiento y la orden directa de Mandel, para coaccionar una confesión de Mohamedou. El punto culminante fue cuando Mandel amenazó con hacer que la madre de Mohamedou fuera llevada a Guantánamo y violada por todos los presentes en las instalaciones, momento en el que él se quebró, concedió y dio una confesión falsa sobre ser una de las mentes principales detrás del 11-S. Nancy está visiblemente sacudida por esto e incluso enemistada con su socia Teri (Shailene Woodley), mientras que Couch prefiere dejar el caso y dimitir de su cargo, condenado al ostracismo y repudiado por todo el departamento.

Finalmente, en 2009, tras una lucha de 4 años para llevar su caso a un tribunal, Mohamedou tiene su oportunidad, a través de una conexión de vídeo, e incluso da un poderoso y conmovedor discurso sobre cómo ya no guardará rencor a quienes le han perjudicado, todos esos años, mientras estaba detenido. Un tiempo después, recibe una carta de Nancy, en la que se indica que ha triunfado y que se ha ordenado su liberación. Sin embargo, la pantalla se pone en negro y unas breves tarjetas de título indican que, a pesar de ello, el Gobierno recurrió esta sentencia y se le obligó a permanecer otros 7 años en prisión, siendo finalmente liberado, sin cargos formales, en 2016 -lo que vemos, entonces, mientras es enviado en un avión militar-.

Hacia el final de la película, otros títulos informan de que Mohamedou nunca pudo volver a ver a su madre, ya que murió en 2013, mientras él estaba detenido. También vemos imágenes del verdadero Mohamedou regresando a su ciudad natal en Mauritania y siendo recibido con alegría por todos. Llegó a casarse con una abogada estadounidense llamada Kitty y a tener un hijo llamado Ahmed; desgraciadamente, debido a sus problemas legales, no ha podido volver a salir de Mauritania ni ver a su familia y espera que un país les conceda a todos protección y estatus legal para estar juntos. Además, Nancy, Teri y Couch han seguido con sus respectivos trabajos. Las imágenes finales muestran a Mohamedou regalando a Nancy y a Teri collares con sus respectivos nombres grabados, en árabe, en agradecimiento por todo lo que hicieron por él; también a él escuchando alegremente "The Man In Me" de Bob Dylan, con la que se identifica, como metáfora de su propia lucha.