A principios del siglo XVI, un niño asiste impotente a la muerte de su padre a manos de Kabai Sengh, el despiadado líder de la Hermandad Sengh, que atacó su barco. El niño salta por la borda y es arrastrado a Bengalla, una isla donde los miembros de la tribu local lo encuentran y lo llevan a su pueblo. Allí le dan el anillo de la calavera, jura dedicar su vida a la destrucción de la piratería, la avaricia, la crueldad y la injusticia, y de adulto adopta la identidad de "El Fantasma", un vengador enmascarado. El papel de El Fantasma se transmite de padre a hijo a lo largo de 400 años, lo que lleva a la gente a creer en una figura única e inmortal.

En 1938, Kit Walker, el 21º Fantasma, encuentra a Quill liderando un grupo de mercenarios en la selva en busca de una de las calaveras de Touganda, que otorga a su dueño un poder tremendamente destructivo. El Fantasma salva al niño nativo que han secuestrado para que les sirva de guía y captura a los hombres de Quill, dejándolos para que la Patrulla de la Selva los recoja. Al revelarse que es un miembro de la Hermandad Sengh y el hombre que mató al padre de Kit -cuyo fantasma aparece con frecuencia para dar consejos a Kit-, Quill huye con la calavera y regresa a los Estados Unidos.

En la ciudad de Nueva York, la ex novia de Kit en la universidad, Diana Palmer, es una viajera frecuente cuyo tío, Dave Palmer, es el famoso propietario del periódico World Tribune. El periódico ha estado investigando al empresario ávido de poder Xander Drax, un personaje turbio con reputación de tratar con criminales. Palmer ha descubierto la conexión de Drax con un misterioso símbolo de telaraña, que rastrea hasta la Selva de Bengala. Envía a Diana a investigar, pero comete el error de informar al corrupto comisario de policía de Nueva York, aliado de Drax, del viaje de Diana. Los piratas aéreos de Drax, liderados por la femme fatale Sala, secuestran el avión; Diana es secuestrada y llevada a su base en Bengala. Tras ser informado del secuestro de Diana por el capitán de la Patrulla de la Selva, Phillip Horton, el Fantasma la rescata y escapa de Quill y sus hombres a su cuartel general, la Cueva de la Calavera.

En Nueva York, ahora vestido como su yo civil, Kit se reúne con David Palmer en el World Tribune y vuelve a encontrarse con Diana, que tiene sentimientos encontrados hacia él desde su repentina desaparición varios años antes. El posible pretendiente de Diana, Jimmy Wells, menciona que ha visto uno de los cráneos en el Museo de Historia Mundial, por lo que Kit y Diana se apresuran a ir allí. Drax y sus hombres los capturan, roban la segunda calavera y la unen con la primera, revelando la ubicación de la tercera calavera en una isla inexplorada del mar de Andamán, conocida como el Vórtice del Diablo. Kit consigue escapar y, como el Fantasma, evade a la policía fuera del museo. Mientras tanto, después de que Sala revele que Diana es la novia del Fantasma, lleva a Drax, Quill y Diana hasta el Vórtice del Diablo, sin saber que el Fantasma ha conseguido hacer autostop en uno de los pontones de aterrizaje del avión.

En la isla, Drax se encuentra con el pirata Kabai Sengh, descendiente directo del líder original de la Hermandad, que posee la tercera calavera. Sengh advierte a Drax de la existencia de la cuarta calavera, que controla el poder de las otras tres. El Fantasma aparece y lucha contra ambos hombres, con Kabai Sengh muerto por los tiburones, y Diana y Sala cooperan para derrotar a los otros villanos. Drax une las tres calaveras y vuelve su poder contra el Fantasma; Quill es golpeado accidentalmente y desintegrado en el proceso. El Fantasma utiliza la cuarta calavera -su anillo- para volver el poder de las calaveras contra ellos, destruyéndolos a ellos y a Drax en una poderosa explosión. Mientras la energía destruye la isla, el Fantasma escapa por poco con Diana y Sala.

Al regresar a Bengala, Diana le revela al Fantasma que ha descubierto su secreto y su doble identidad. Kit se quita la máscara y le dice que sólo puede revelar todos sus secretos a una persona, la mujer con la que pretende casarse, pero ella se marcha de nuevo a Nueva York. El padre de Kit lamenta que su hijo no haya perseguido a Diana, pero afirma que ella volverá a la selva del Fantasma, y Kit, algún día.