En una zona de hierba, un búfalo de agua se libera de la cuerda que lo ata a un árbol. Se adentra en un bosque, donde es visto por un hombre con una hoz. El hombre comienza a conducirlo a algún lugar, mientras una figura silueteada con ojos rojos lo observa.

Boonmee vive en una casa en una granja con su cuñada Jen y su sobrino Tong. Boonmee sufre un fallo renal; su ayudante laosiano Jaai le administra tratamientos de diálisis. Una noche, mientras Boonmee, Jen y Tong cenan juntos, aparece el fantasma de Huay, la esposa de Boonmee. Huay, que murió hace más de una década, dice que ha oído las oraciones de Jen y Boonmee por ella y que es consciente de la mala salud de Boonmee. Una figura peluda y de ojos rojos sube las escaleras cerca de la mesa, y se revela como el hijo perdido de Boonmee, Boonsong. Boonsong, que practicaba la fotografía, había desaparecido algunos años después de la muerte de Huay. Boonsong buscaba a una criatura -a la que llama "Mono Fantasma"- que había capturado en una de sus fotos. Dice que se apareó con un Fantasma del Mono, lo que hizo que su pelo creciera y sus pupilas se dilataran, y que, tras conocer a su pareja, olvidó "el viejo mundo".

Durante el día, en la granja con Jen, Boonmee afirma que su enfermedad es el resultado del karma. Afirma que fue causada por su matanza de comunistas mientras servía en el ejército, y por su matanza de bichos en la granja.

Una princesa es llevada a través de un bosque en una litera. Camina cerca de una cascada y mira su reflejo en el agua, que percibe más joven y hermoso que su apariencia real. Uno de sus sirvientes la besa, pero insiste en que se imaginaba besando su reflejo. El criado se marcha y ella se sienta junto al agua y llora. Un siluro le hace un cumplido, lo que la lleva a meterse en el agua. Ofrece sus joyas a cambio de parecerse a su reflejo y luego tiene relaciones sexuales con el siluro.

Boonmee se tumba en la cama cerca de Huay, que está sentado. La abraza y le pregunta cómo podría encontrarla en el más allá. Ella le dice que los espíritus de los difuntos no están ligados a lugares, sino a personas. Más tarde, Boonmee, Huay, Jen y Tong se adentran en el bosque. Jen y Tong ven figuras sombrías que corren entre la maleza y saltan entre los árboles. Huay conduce a Boonmee, Jen y Tong a una cueva. Boonmee cree haber nacido en la cueva, en una vida que no recuerda. Cuenta un sueño sobre una civilización futura en la que las autoridades hacen brillar "una luz" sobre la "gente del pasado", haciéndola desaparecer. Huay desconecta el tubo de diálisis de Boonmee. Al día siguiente, Boonmee está muerto.

Tras el funeral de Boonmee, Jen se sienta en una cama, organizando regalos de baht con su amigo Roong. Tong, ahora monje, llega diciendo que ha tenido dificultades para dormir en el templo. Se ducha y se cambia la túnica por una camiseta y unos vaqueros. Mientras se prepara para salir a comer con Jen, se queda atónito al verse a sí mismo, a Jen y a Roong en la cama, viendo la televisión. Él y Jen se van a un restaurante, mientras él, Jen y Roong se quedan en la cama.