En el prólogo, ambientado en 1945, un montaje muestra la luna de miel del capitán Walker y su esposa, Nora ("Prólogo - 1945"). Al terminar su permiso, Walker se marcha a luchar en la Segunda Guerra Mundial como piloto de bombarderos, pero es derribado durante una misión. El "Capitán Walker" aparece como desaparecido en combate y se le da por muerto, aunque -sin que lo sepa su familia- el malherido Walker sigue vivo. De vuelta a Inglaterra, Nora se pone de parto y da a luz a un hijo, Tommy, el Día V-E ("Captain Walker/It's a Boy"). Cinco años más tarde, Nora ha iniciado una nueva relación con Frank, un trabajador de vacaciones que ella y Tommy conocen en sus vacaciones. Tommy admira a su "tío" Frank, que expresa sus deseos de dirigir su propio campamento de vacaciones algún día ("Bernie's Holiday Camp"). En los años 50, Nora y Frank sueñan con su futuro ("1951 / What About the Boy?"), pero, a última hora de la noche, el Capitán Walker, que ha regresado, sorprende a la pareja en la cama, lo que da lugar a una lucha en la que Frank mata al Capitán (en la sinopsis original del álbum, el Capitán mata a Frank)[8] El calor del momento hace que Tommy entre en una psicodelia como "Amazing Journey", en la que aparece "sordo, mudo y ciego". Más tarde, en una fiesta de Navidad, Nora se angustia porque Tommy "no sabe qué día es" ("Christmas").

A lo largo de 16 años, Nora y Frank hacen varios intentos infructuosos de sacar al ya mayor Tommy de su estado ("Eyesight to the Blind" / "The Acid Queen") y lo colocan con algunas niñeras dudosas ("Cousin Kevin" / "Fiddle About"). Éstas se vuelven cada vez más letárgicas ante la falta de efecto y una noche dejan a Tommy frente al espejo, permitiéndole deambular. Sigue una visión de sí mismo hasta una máquina de pinball de la chatarrería. Tommy es reconocido por Frank y por los medios de comunicación como un prodigio del pinball ("Extra, Extra, Extra"), lo que se hace aún más impresionante con su estado de discapacidad sensorial. Durante un partido del campeonato, Tommy se enfrenta al "Mago del Pinball" con The Who como banda de acompañamiento. Nora asiste a la victoria televisada de su hijo y celebra su éxito (y el de ella) y el lujo, pero se da cuenta de que no puede disfrutarlo del todo debido al estado extremo de Tommy ("Champagne").

Frank encuentra un especialista para Tommy ("There's a Doctor") que llega a la conclusión de que el estado de Tommy se desencadena emocionalmente más que físicamente y le explica que la única esperanza es seguir haciendo que Tommy se enfrente a su reflejo ("Go to the Mirror!"). Nora, cada vez más frustrada, lanza a Tommy a través del espejo ("¡Rompe el espejo!"), lo que hace que recupere la conciencia y huya momentáneamente ("Soy libre"). Tommy revela que sus experiencias le han transformado y decide que quiere transformar el mundo ("Mother and Son" / "Miracle Cure").

Tommy realiza giras de conferencias que parecen espectáculos de gospel glam-rock y difunde un mensaje de iluminación en ala delta, ganando amigos y seguidores allá donde va ("Sally Simpson" / "Sensation"). Tommy y unos Nora y Frank más iluminados y eufóricos acogen a los conversos en su casa, que rápidamente se llena de gente para acoger a todos. Tommy abre una extensión para su campus religioso ("Welcome" / "Tommy's Holiday Camp").

Los conversos, confundidos por las extrañas prácticas de Tommy y la explotación comercial del recinto por parte de su familia, exigen airadamente a Tommy que les enseñe algo útil. Tommy lo hace, ensordeciendo, silenciando y cegando deliberadamente a todos, sólo para invocar inadvertidamente una revuelta. Los seguidores matan a Nora y Frank y destruyen el campamento en un incendio ("We're Not Gonna Take It"). Tommy encuentra a sus padres entre los escombros y se lamenta antes de escapar a las montañas del principio de la película. Asciende al mismo pico donde sus padres celebraron su luna de miel, festejando el sol naciente ("Listening to You").