A medida que aumenta la ola de crímenes en la ciudad de Nueva York, la reportera April O'Neil teoriza correctamente que el misterioso clan ninja del Pie está detrás del creciente caos. La Trituradora, el líder del Pie, ordena silenciar a April. Ella es atacada por los Foot en el metro y queda inconsciente. Raphael, una de las Tortugas Ninja Adolescentes Mutantes, emerge de las sombras, derrota al Pie y la lleva al escondite de las tortugas, sin saber que uno de los Pies le está siguiendo. Splinter, su maestro rata, le explica a April que él y las tortugas fueron una vez animales ordinarios, pero que fueron mutados en criaturas inteligentes por residuos tóxicos, y entrenados por Splinter en el arte del ninjutsu. Después de que las tortugas acompañen a April a su casa, encuentran su escondite saqueado y a Splinter secuestrado. Regresan al apartamento de April y pasan la noche allí.

Danny Pennington, el hijo delincuente del supervisor de April, Charles Pennington, trabaja para el Pie. Tras sacar a Danny de la cárcel por robo y absentismo escolar, Charles se detiene en el apartamento de April, donde Danny vislumbra a una de las tortugas escondida. Él informa de esto a la Trituradora.

Tras una discusión con Leonardo, Raphael sube a la azotea del edificio de April, donde el Pie le tiende una emboscada. Queda inconsciente y las tortugas se apresuran a defenderse, ayudadas por el vigilante Casey Jones, que había conocido recientemente a Rafael. El edificio se incendia durante la pelea y las tortugas se retiran a una granja abandonada que pertenece a la familia de April. Raphael se recupera y las tortugas se entrenan mientras April y Casey se enamoran. Leo contacta con Splinter a través de una proyección astral y las tortugas regresan a Nueva York para rescatarlo.

Danny ha estado recibiendo en secreto los consejos de Splinter, que le cuenta la historia del asesinato de su maestro Hamato Yoshi a manos de un ninja rival, Oroku Saki, por el amor de una mujer llamada Tang Shen, mientras que Splinter era una rata corriente. Durante la lucha, la jaula de Splinter se rompió y se abalanzó sobre la cara de Saki, arañándolo y mordiéndolo. Saki tiró a Splinter al suelo y dio un golpe con su katana, cortando la oreja de Splinter. Cuando Danny se entera de que el Triturador pretende hacer matar a Astilla, él y Casey lo liberan. Splinter revela a los otros adolescentes que han sido reclutados por el Pie que el Triturador les ha estado lavando el cerebro para que hagan su trabajo sucio. Al darse cuenta de esto, todos renuncian al Pie.

Las tortugas se enfrentan al Pie en la batalla, derrotando fácilmente a todos los ninjas del Clan del Pie, pero al enfrentarse al Triturador, éste los derrota sin ayuda. Mientras el Triturador se prepara para matar a Leonardo, aparece Splinter y le reta a un combate. Splinter nombra a Shredder como Oroku Saki; Saki se quita la máscara y se toca la cicatriz, recordando cómo se la regaló Splinter. Carga contra Splinter para clavarle una lanza, y éste atrapa el yari del Triturador con el nunchaku de Miguel Ángel, dejándolo colgando del borde del tejado. En un último intento de matar a Splinter, éste le lanza un tanto, pero cuando Splinter intenta atraparlo, su agarre se suelta y Saki cae en un camión de basura. Casey tira de la palanca "accidentalmente" para activar el compactador, aplastando a Shredder. Mientras la policía y los medios de comunicación llegan y arrestan a los soldados del Pie, los adolescentes les dicen la ubicación del escondite del Pie. Charles se reúne con su hijo Danny y devuelve a April su trabajo. Reunidos con Splinter, las tortugas ven como April y Casey se besan.