El estudiante de secundaria Shoya Ishida tiene la intención de suicidarse, pero cambia de opinión en el último momento y decide atar los cabos sueltos. Un flashback nos muestra a Shoya como estudiante de sexto grado en la escuela primaria, durante el cual una nueva estudiante llamada Shoko Nishimiya se une a la clase de Shoya y se revela que es sorda. Intenta integrarse en la clase, pero acaba siendo un blanco fácil para el acoso de Shoya y sus amigos. Cuando la noticia del acoso llega al director, Shoya es señalado como culpable por su profesor, lo que provoca que el acoso de la clase se dirija hacia él. Shoya culpa a Shoko y ambos se enzarzan en un altercado físico. Posteriormente, Shoko es trasladado a otra escuela y Shoya encuentra un cuaderno que Shoko dejó atrás y se lo queda.

Al ser marginado durante toda la escuela secundaria por su reputación de matón, Shoya, ahora en el instituto, es un solitario deprimido que es incapaz de mirar a los demás a los ojos y que imagina una marca de "X" en la cara de la gente. Para acabar con sus cabos sueltos, Shoya va a devolver el cuaderno de Shoko al centro de lenguaje de signos y a disculparse, pero luego entra en pánico y le pide que sean amigos. Shoko acepta su oferta, lo que hace que Shoya se esfuerce por compensar su acoso a Shoko. Tomohiro Nagatsuka, otro solitario, también se hace amigo de Shoya después de que éste le proteja de un matón.

Un día, Shoya deja caer accidentalmente el cuaderno de Shoko a un río; entonces salta para recuperarlo, lo que está prohibido. Yuzuru, la hermana menor de Shoko, toma una foto de Shoya saltando al río y la publica en Internet para vengarse de él, lo que hace que Shoya sea suspendido. Shoya encuentra a Yuzuru, que se ha escapado de casa, y la lleva a alojarse en su casa. Cuando ella se va en medio de la noche, Shoya la sigue y los dos se reconcilian y se hacen amigos.

Shoya y Shoko se reencuentran con Miyoko Sahara, una compañera de clase de la escuela primaria que era amiga de Shoko. Más tarde, Shoko le hace un regalo a Shoya y le confiesa sus sentimientos por él, pero como intenta hablar de sus afectos en lugar de expresarlos con señas, Shoya la malinterpreta.

Shoya invita a Shoko a un parque de atracciones con Tomohiro, Miyoko, Miki Kawai (otro compañero de la escuela primaria) y Satoshi Mashiba (amigo de Miki). Allí se les une otra compañera de la escuela primaria, Naoka Ueno (que también había intimidado a Shoko junto a Shoya entonces), que arrastra a Shoko a una noria. Naoka expresa sus sentimientos de odio hacia Shoko, culpándola de haber creado una brecha entre ella y Shoya, de quien está encaprichada. Yuzuru, que había estado grabando en secreto el encuentro, le muestra el vídeo a Shoya. Desesperada por seguir siendo inocente por su parte en el acoso a Shoko tras la filtración, Miki expone el pasado de Shoya a los estudiantes que lo desconocían. Más tarde, intenta disculparse con el grupo, pero Shoya se desentiende de todos después de que Naoka se muestre despectiva.

Shoya se entera de que la abuela de Shoko y Yuzuru ha muerto recientemente. Para animarlos, Shoya los lleva al campo y ve que Shoko se culpa de todo lo que le ha pasado. Shoya decide dedicar toda su vida social a las hermanas.

Durante un festival de fuegos artificiales, Shoko se va a casa con la excusa de terminar los deberes. Shoya la sigue cuando Yuzuru le pide que coja su cámara. Cuando llega, encuentra a Shoko de pie en el balcón, a punto de suicidarse. Shoya consigue agarrarla y tirar de ella hacia arriba, pero cae al río de abajo. Es rescatado por sus antiguos mejores amigos de la escuela primaria, pero entra en coma. Con la esperanza de ayudar a Shoya, Shoko se reúne con cada uno de los miembros del grupo para explicarles su situación y la de Shoya.

Una noche, Shoko sueña que recibe una visita de despedida de Shoya. Horrorizada, corre al puente y se derrumba llorando. Shoya, al despertar de su coma, se tropieza con el puente y la encuentra allí. Se disculpa por la forma en que la trató, pidiéndole que deje de culparse y admite que, aunque una vez pensó en acabar con su propia vida, ha decidido no hacerlo. Shoya le pide entonces que le ayude a seguir viviendo, a lo que ella accede.

Cuando Shoya vuelve a la escuela, se reencuentra con sus amigos y llega a comprender lo mucho que aún se preocupan por él. Los amigos van juntos al festival de la escuela y Shoya se da cuenta de que, por fin, puede volver a mirar a la gente a los ojos cuando ve que las marcas de la "X" desaparecen. Mirando a su familia y a todos los nuevos amigos que ha hecho, Shoya llora, sabiendo que por fin se ha redimido.