Viviendo ahora en Nueva York con su novio Stosh 'Piz' Piznarski, Veronica Mars se entrevista con Gayle Buckley para un puesto como abogada en el bufete de Truman-Mann mientras se prepara para el examen del colegio de abogados. En un segmento de noticias en la televisión, Veronica se entera de que la cantante pop Bonnie DeVille, a quien Veronica conoció en el instituto como Carrie Bishop, fue encontrada electrocutada en su bañera. El ex-novio de Verónica, Logan Echolls, ahora alistado en la Marina, es el principal sospechoso del asesinato de Carrie y llama a Verónica para pedirle ayuda. Verónica finalmente acepta volver a Neptune, California para ayudar a Logan a entrevistar a los abogados de su defensa.

Verónica se reúne con su padre Keith y se entera de que la policía local se ha vuelto corrupta bajo el liderazgo del Sheriff Dan Lamb. Verónica se entera de la próxima reunión de diez años de la secundaria Neptune por sus amigos Wallace Fennel y Cindy 'Mac' Mackenzie.

Verónica visita a Logan en la casa que comparte con su compañero de cuarto Dick Casablancas y comienza a investigar su caso. En un bar de karaoke más tarde esa noche, Logan le presenta a Verónica a Ruby Jetson, una superfan/acosadora obsesionada con Bonnie DeVille.

Mientras investiga a Ruby, Verónica descubre que es en realidad una ex-compañera de clase Della Pugh, pero que Della tiene una coartada para la noche del asesinato de Carrie Bishop. Para que se retiren los cargos después de que Verónica es arrestada por irrumpir en la casa de la madre de Della, Della chantajea a Verónica para que la lleve a una cita con Logan, con quien está obsesionada porque él salió con Bonnie DeVille.

Wallace y Mac obligan a Verónica a unirse a ellos en su reunión de la escuela secundaria. Verónica se entera de que el ex-motociclista Eli "Weevil" Navarro es ahora un hombre de familia reformado. Madison Sinclair reproduce el vídeo sexual de Verónica en la reunión como una broma, provocando una pelea entre los hombres después de que Piz llega de Nueva York para sorprender a Verónica.

Verónica llega a creer que el asesinato de Carrie puede estar relacionado con la muerte de Susan Knight, que se ahogó durante el instituto mientras estaba en un viaje en barco con Carrie, Dick, Stu 'Cobb' Cobbler, Luke Haldeman, y la prometida de Luke, Gia Goodman. En su camino a casa después de la reunión, Weevil se detiene para ayudar a Celeste Kane, que está siendo acosada por una banda de motociclistas, pero ella dispara a Weevil por pánico. El departamento del sheriff le pone un arma a Weevil en la escena del crimen para liberar a Celeste.

A través de sus conexiones con Leo D'Amato y Vinnie Van Lowe, Verónica descubre una conspiración de silencio en relación con el ahogamiento de Susan Knight que involucra tabletas con software espía usado para espiar a Carrie y para incriminar a Logan. La prolongada estancia de Verónica en Neptune le cuesta el puesto con Trumann-Mann en Nueva York. Mientras Keith se reúne en secreto con el ayudante Sachs, otro vehículo choca intencionadamente con el coche del ayudante, matando a Sachs e hiriendo gravemente a Keith antes de que Logan pueda rescatarlo.

Por teléfono desde Nueva York, Piz termina su relación con Verónica después de que ésta decida continuar su estancia en California a expensas de conocer a los padres de Piz. Verónica y Logan reavivan su romance.

Verónica descubre que Luke es gay y que su relación con Gia es sólo por motivos políticos. Cobb había estado chantajeando a Gia y Carrie por su culpabilidad en la muerte de Susan desde que se ahogó. Gia revela su papel en el encubrimiento a Verónica justo antes de que Cobb dispare a Gia. Cobb persigue a Veronica, pero ella finalmente lo deja caer, exponiendo a Cobb como el asesino y exonerando a Logan.

Verónica usa las imágenes que ella y Logan grabaron subrepticiamente en la oficina del sheriff para decir que el sheriff Lamb es corrupto. Mientras Keith continúa su recuperación en el hospital, Weevil se une a su antigua banda de moteros de la PCH. Logan se despide de Verónica mientras se prepara para reincorporarse a la Marina, y Verónica decide continuar su estancia en Neptune trabajando como investigadora.