El hacker buscado Benjamin Engel, alias WhoAmI, se ha entregado a la policía, pero sólo quiere hablar con la investigadora de Europol Hanne Lindberg, que ha sido suspendida de sus funciones. Esta conversación de Benjamin con Lindberg en una sala de interrogatorios constituye el marco argumental de la película, mientras que su historia se presenta en flashbacks.

El modesto Benjamin tiene una infancia difícil. Su padre abandonó a su madre antes de que Benjamin naciera, y su madre se quitó la vida cuando Benjamin tenía ocho años. Desde entonces vive con su abuela. A partir de la sensación de no tener importancia en el mundo real, finalmente encuentra su talento y su propósito en el mundo virtual y lo vive con pequeños ataques de hackers. Su gran modelo a seguir en la Darknet es el hacker estrella MRX, del que Benjamin aprende tres principios rectores: 1. ningún sistema es seguro, 2. lucha por lo imposible y 3. no limites tu diversión al mundo virtual.

Como repartidor de pizzas, Benjamin se reencuentra con Marie, de la que estuvo enamorado en su época escolar y que ahora estudia Derecho. Menciona casualmente que podría utilizar las preguntas del examen de los servidores de la universidad. Benjamin se cuela entonces en la sala de servidores y hackea el ordenador de la universidad, pero le pillan y le condenan a trabajos comunitarios. En el proceso, conoce al carismático Max, que inmediatamente está dispuesto a trabajar con él cuando se entera de las habilidades de programación de Benjamin. En una fiesta, Max presenta a Benjamin a sus dos amigos Stephan y Paul, que le piden que ponga a prueba sus habilidades. Así que Benjamin hackea el suministro eléctrico de la ciudad y corta brevemente la energía de toda la calle.

Poco después, la abuela de Benjamin, que sufre demencia, tiene que ingresar en una residencia de ancianos, lo que significa que a partir de ahora su casa sirve de cuartel general para el grupo de cuatro hackers. Al buscar un nombre para el grupo, Benjamin sugiere CLAY, que cuenta con la aprobación general. Son las siglas de Clowns Laughing at You (Payasos que se ríen de ti) y se basan en las máscaras muy utilizadas en el mundo de los hackers. Impulsado por la búsqueda de reconocimiento de Max a través de MRX, el grupo lleva a cabo cada vez más ataques con motivos sociocríticos en empresas y organizaciones complejas - entre otros, el partido de derecha radical NBD y una gran empresa farmacéutica son víctimas de CLAY. A pesar de la gran atención en los medios de comunicación y en las redes sociales, la esperada admiración por parte de MRX no se materializa, incluso los convierte en el blanco de las burlas cibernéticas. El furioso Max reclama un ataque que supere varias veces sus límites anteriores, ante lo cual Benjamin propone como próxima víctima al Servicio Federal de Inteligencia (BND), que se considera inexpugnable. La acción se desarrolla sin problemas gracias a la división del trabajo del grupo, pero Benjamin roba datos altamente confidenciales además de su misión real.

Cuando Max besa a Marie en la fiesta posterior, el celoso Benjamin se aleja de él con rabia. Sin que los demás lo sepan, entrega los datos robados a MRX en la darknet. Un día después, el hacker Krypton, miembro de la cibermafia rusa FR13NDS, aparece asesinado en el bosque. Resulta que Krypton era un topo del BND y su identidad estaba incluida en los datos robados. Aparentemente MRX vendió la información al FR13NDS. Los investigadores del BND rastrean el asesinato hasta el ataque de los hackers de CLAY y llaman a la investigadora danesa de Europol Hanne Lindberg, que ya lleva tres años intentando en vano poner fin al FR13NDS. Para alejar a CLAY de la opinión pública, Benjamin sólo ve la posibilidad de entregar a MRX y al FR13NDS a las autoridades.

Durante una reunión en línea con MRX, éste les expresa finalmente su agradecimiento y les encarga a los cuatro la tarea de instalar un troyano en la sede de Europol. Durante la reunión, son rastreados por el equipo de investigadores de Lindberg, pero logran escapar a tiempo. Tras su nuevo fracaso, Lindberg es suspendido y sustituido por Martin Bohmer, del BKA. Para cubrir sus huellas, los cuatro prendieron fuego a la casa de la abuela de Benjamin. En La Haya, a pesar de varios intentos, no consiguen entrar en la sede de Europol. Sólo un truco de Benjamín le permite entrar y consigue colocar un punto de acceso WLAN manipulado en la cantina, que les da acceso remoto a los servidores de Europol. Utilizando un troyano especialmente diseñado y oculto en el troyano de MRX, quieren a su vez obtener acceso al ordenador de MRX y, por tanto, a su identidad. Pero MRX ha visto a través de su truco y espiado la ubicación de Benjamin de antemano. Dos asesinos armados del FR13NDS le persiguen hasta los túneles subterráneos, donde consigue escapar de ellos. Cuando regresa a su habitación de hotel, encuentra a Max, Stephan y Paul muertos a tiros.

Esto trae la historia de Benjamin, contada en flashbacks, al presente de la historia del marco. Benjamin ofrece a Lindberg entregarle el MRX a cambio de que le coloquen en el programa de protección de testigos. A pesar de la advertencia de Bohmer, Lindberg está de acuerdo. Benjamin se hace pasar por MRX en la Darknet y confiesa su traición a Krypton. El enfurecido MRX cae en la trampa y permite así a Benjamin seguir su rastro para que el buscado hacker pueda ser detenido en Nueva York.

Lindberg, ya rehabilitado, recuerda mientras tanto algunas incoherencias en la narración de Benjamin e investiga. Encuentra la casa supuestamente quemada intacta, los tres supuestos cadáveres no se encuentran y Marie declara que no se encuentra con Benjamin desde sus días de escuela. Se entera por el psiquiatra de la madre de Benjamin de que éste puede haber heredado su predisposición al trastorno de identidad disociativo. Por lo tanto, ahora sospecha que Max, Stephan y Paul sólo existen en la imaginación de Benjamin y que sólo él es CLAY. Se enfrenta a él y le dice que con un trastorno mental no podría acogerse al programa de protección de testigos. Benjamin teme ser asesinado por el FR13NDS. Por ello, Lindberg le da la oportunidad de hackear el software del programa de protección de testigos. Allí Benjamin se crea una nueva identidad. Lindberg entonces lo libera.

Finalmente, Benjamin está en un ferry que se dirige a Copenhague cuando Max, Stephan, Paul y Marie aparecen en cubierta. Juntos se alegran de volver a ser "invisibles". El doble giro se resuelve en flashbacks: Tras la huida de Benjamin de los asesinos del FR13NDS, juntos idean el audaz plan de engañar a Lindberg para dar a Benjamin la oportunidad de llevar a cabo la manipulación en el registro central y cambiar sus identidades. Cuando Paul pregunta qué pasaría si Lindberg descubriera su truco, Benjamin responde que ya lo hizo, pero que consiguió lo que quería.