El policía Edward Malus (Nicolas Cage) recibe la noticia de su ex-prometida, Willow Woodward (Kate Beahan), de que su hija Rowan (Erika Shaye Gair) ha desaparecido. Viaja a una isla de la costa del estado de Washington donde vive un grupo de neopaganos. La isla está dirigida por la hermana Summersisle (Ellen Burstyn), una anciana que representa a la diosa que adoran. La hermana Summersisle explica a Edward que sus antepasados abandonaron Inglaterra para evitar la persecución, pero que se establecieron cerca de Salem y se encontraron con una nueva persecución en los juicios por brujería de Salem antes de llegar a la isla. La hermana Summersisle explica que su población es predominantemente femenina, ya que eligen el ganado más fuerte, eludiendo la preocupación de Edward por el nacimiento de machos no deseados. La economía de la isla depende de la producción de miel local, que según Edward ha disminuido recientemente.

Edward pregunta a los aldeanos por Rowan, pero le dan respuestas evasivas. Más tarde ve a dos hombres que llevan una gran bolsa que parece gotear sangre y encuentra una tumba fresca y sin marcar en el patio de la iglesia. La tumba resulta contener sólo una muñeca quemada, pero Edward encuentra el jersey de Rowan en el cementerio. En la escuela del pueblo, la maestra Rose (Molly Parker) intenta evitar que Edward vea el registro de la clase. Cuando ve que el nombre de Rowan ha sido tachado, se indigna ante las mentiras de la profesora y de los compañeros de Rowan. Rose insiste en que Edward hable con ella fuera. Después de una breve discusión sobre la visión de la gente de la isla sobre la muerte, le explica que la pena capital se utiliza para hacer cumplir sus leyes. Edward pregunta cómo murió Rowan y la hermana Rose le dice: "Morirá quemada". Cuando Edward se da cuenta del tiempo que ha utilizado, la hermana Rose se corrige rápidamente: "Murió quemada". Cuando Edward le pregunta a Willow sobre la tumba, ella le revela que Rowan es la hija que tienen juntos. El día del rito de fertilidad, Edward busca frenéticamente a Rowan en el pueblo. Disfrazado con un traje de oso, se une al desfile liderado por la hermana Summersisle, que termina en el lugar del festival.

Rowan está atada a un gran árbol, a punto de ser quemada. Edward la rescata y huyen por el bosque, pero Rowan lo lleva de vuelta a la Hermana Summersisle. La Hermana Summersisle agradece a Rowan su ayuda y Edward se da cuenta de que la búsqueda de Rowan fue una trampa todo el tiempo. Se revela que Willow, conocida en la isla como la Hermana Willow, es la hija de la Hermana Summersisle y que Willow selló el destino de Edward hace muchos años, cuando la Hermana Willow lo eligió como sacrificio humano para restaurar la producción de miel de la isla (después de que Edward destruyera deliberadamente las colmenas de su cultivo anteriormente). Los aldeanos abordan y dominan a Edward, rompiéndole las piernas para evitar que escape y torturándolo con abejas vivas (que se muestran en la versión alternativa). Lo llevan hasta un enorme hombre de mimbre donde lo izan a gran altura y lo encierran en su interior. Rowan prende fuego al hombre de mimbre y Edward es sacrificado en una gigantesca hoguera entre sus gritos.

Seis meses después, la hermana Willow y Honey van a un bar y conocen a dos policías, uno de los cuales se ha graduado en la academia. Willow y Honey aceptan ir a casa con ellos.