En la Polonia ocupada por los nazis, en 1944, el joven Erik Lehnsherr es separado de sus padres al entrar en el campo de concentración de Auschwitz. Mientras intenta alcanzarlos, hace que un conjunto de puertas metálicas se doble hacia él. Esto es el resultado de una habilidad mutante para crear campos magnéticos y controlar el metal que se manifiesta, pero es noqueado por los guardias. En un futuro no muy lejano, el senador estadounidense Robert Kelly intenta aprobar una "Ley de Registro de Mutantes" en el Congreso, que obligaría a los mutantes a revelar sus identidades y habilidades. Están presentes Erik, ahora con el nombre de "Magneto", y su colega telepático, el profesor Charles Xavier. Xavier ve a Lehnsherr presente y le preocupa cómo responderá a la Ley de Registro.

En Meridian, Mississippi, Marie D'Ancanto, de 17 años, deja accidentalmente a su novio en coma después de besarlo, ya que su habilidad mutante absorbe el poder y la fuerza vital de los demás. Se escapa de casa y adopta el nombre de Rogue. En Alberta, conoce a Logan, también conocido como "Lobezno", un mutante que posee habilidades curativas sobrehumanas y "garras" metálicas que sobresalen de entre sus nudillos. Son atacados en la carretera por Dientes de Sable, uno de los secuaces de Magneto, pero dos alumnos de Xavier -Cíclope y Tormenta- llegan y los salvan. Lobezno y Pícara son llevados a la mansión y escuela para mutantes de Xavier en el condado de Westchester, Nueva York.

Xavier le dice a Logan que Magneto parece haberse interesado por él y le pide que se quede mientras los mutantes de Xavier, los X-Men, investigan el asunto. Rogue se inscribe en la escuela.

La senadora Kelly es secuestrada por otros dos secuaces de Magneto, Sapo y Mística, y llevada a su escondite en la desconocida isla de Genosha. Magneto utiliza a Kelly como sujeto de pruebas para una máquina alimentada por sus habilidades magnéticas que genera un campo de radiación, que induce mutaciones en los humanos normales. Más tarde, Kelly escapa aprovechando su nueva mutación.

Rogue visita a Lobezno durante la noche mientras éste tiene una pesadilla. Asustado, la apuñala accidentalmente, pero ella es capaz de absorber su capacidad de curación para recuperarse. Esto es observado por los compañeros que llegaron para ayudar. Más tarde, Mística, que se disfraza de Bobby Drake, el enamorado de Rogue, la convence de que Xavier está enfadado con ella y que debe abandonar la escuela. Xavier utiliza su máquina de localización de mutantes Cerebro para encontrar a Rogue en una estación de tren, y los X-Men van a recuperarla. Mientras tanto, Mística entra en Cerebro y la sabotea.

Tras adelantarse a Tormenta y Cíclope, Lobezno encuentra a Pícara en un tren y la convence para que regrese a la escuela. Antes de que puedan marcharse, llega Magneto, noquea a Lobezno y somete a Rogue, revelando que era a Rogue a quien quería y no a Lobezno. Aunque Xavier intenta detener a Magneto controlando mentalmente a Dientes de Sable, se ve obligado a liberar su control sobre Dientes de Sable cuando Magneto amenaza a la policía que se ha reunido en la estación de tren, permitiendo que la Hermandad de Magneto escape con Rogue. Kelly llega a la escuela de Xavier, y éste lee su mente para conocer la máquina de Magneto. Al darse cuenta de que el esfuerzo de alimentarla casi mata a Magneto, el grupo deduce que pretende transferir sus poderes a Rogue y utilizarla para alimentarla a costa de su vida. El cuerpo de Kelly rechaza su mutación y su cuerpo se disuelve en líquido. Xavier intenta localizar a Rogue utilizando Cerebro, pero el sabotaje de Mística lo incapacita y cae en coma. Su compañera telequinética y telépata Jean Grey arregla Cerebro y lo utiliza, enterándose de que Magneto planea colocar su máquina inductora de mutaciones en la Isla de la Libertad y utilizarla para "mutar" a los líderes mundiales reunidos en una cumbre en la cercana Isla Ellis. Los X-Men escalan la Estatua de la Libertad, luchando y dominando a la Hermandad mientras Magneto transfiere sus poderes a Rogue y activa la máquina mutante. Cuando Lobezno se enfrenta a Magneto y lo distrae, Cíclope lo expulsa, permitiendo a Lobezno destruir la máquina. Transfiere sus poderes a Rogue y sus habilidades curativas la rejuvenecen, mientras se incapacita a sí mismo.

El Profesor Xavier y Lobezno se recuperan de sus comas. El grupo también se entera de que Mística escapó de la batalla de la isla y se está haciendo pasar por la senadora Kelly, a pesar de haber sido gravemente herida por Lobezno. Xavier da a Lobezno una pista sobre su pasado en una instalación militar abandonada en Canadá. Magneto es encarcelado en un complejo construido de plástico y recibe la visita de Xavier, y Magneto le advierte que tiene la intención de escapar algún día y continuar la lucha.