En la Casa Blanca, el mutante teletransportado con lavado de cerebro Nightcrawler ataca al Presidente de los Estados Unidos. Le disparan y se retira. Mientras tanto, Logan explora una instalación militar abandonada en el lago Alkali, en Alberta, en busca de pistas sobre su pasado, pero no encuentra nada. Jean Grey ha tenido premoniciones y lucha por concentrarse mientras sus poderes son cada vez más difíciles de controlar. Más tarde, Logan regresa a la escuela para mutantes del profesor Xavier, y éste rastrea a Rondador Nocturno utilizando Cerebro. Xavier y Cíclope van a interrogar al encarcelado Magneto sobre el ataque, mientras los X-Men Tormenta y Jean Grey recuperan a Rondador Nocturno. El científico militar Coronel William Stryker se acerca al presidente y recibe la aprobación para investigar la mansión de Xavier por sus vínculos con los mutantes a raíz del reciente ataque. Las fuerzas de Stryker invaden la escuela y secuestran a algunos de los estudiantes. Coloso lleva a los estudiantes restantes a un lugar seguro mientras Logan, Pícara, Hombre de Hielo y Pyro escapan, y la asistente de Stryker, Yuriko Oyama, captura a Cíclope y Xavier. Durante el ataque, Logan se enfrenta a Stryker, que se dirige a él como Lobezno y parece conocer su pasado.

Mística, que cambia de forma, obtiene información sobre la prisión de Magneto y le ayuda a escapar, al tiempo que descubre los esquemas de un segundo Cerebro. Logan, Pícara, Hombre de Hielo y Piro visitan a los padres y al hermano de Hombre de Hielo en Boston y se reúnen con Tormenta, Jean y Rondador Nocturno. El X-Jet es atacado por aviones de combate mientras vuela de vuelta a la mansión y es derribado, pero Magneto los salva de estrellarse. Magneto explica al grupo que Stryker ha construido el segundo Cerebro para utilizarlo junto con Xavier para matar telepáticamente a todos los mutantes del planeta. El hijo de Stryker, Jason, es un mutante con poderes de control mental, que Stryker utilizará para obligar a Xavier a hacerlo. Stryker también había utilizado previamente los poderes de Jason para orquestar el ataque de Rondador Nocturno como pretexto para obtener la aprobación para invadir la mansión de Xavier. Magneto también le dice a Lobezno que Stryker fue el hombre que injertó su esqueleto de adamantium en sus huesos y que es el responsable de su amnesia. Jean lee la mente de Rondador Nocturno y determina que la base de Stryker está bajo tierra en una presa del Lago Alkali.

Disfrazada de Logan, Mística se infiltra en la base de Stryker. Deja entrar al resto de los mutantes y Magneto y Mística van a desactivar Cerebro antes de que el lavado de cerebro de Xavier pueda activarlo. Tormenta y Rondador Nocturno rescatan a los estudiantes capturados, y Jean lucha contra un Cíclope controlado mentalmente; su batalla libera a Cíclope pero daña la presa, que comienza a romperse. Logan encuentra a Stryker en un laboratorio de fundición de adamantium y lo recuerda como el lugar donde recibió su esqueleto de adamantium. Logan lucha y mata a Yuriko, luego persigue a Stryker hasta un helipuerto y lo encadena a la rueda del helicóptero. Magneto detiene a Cerebro y, utilizando a Mística haciéndose pasar por Stryker para comandar a Jason, hace que Xavier redirija sus poderes hacia los humanos. Posteriormente, los dos utilizan el helicóptero de Stryker para escapar, acompañados por Pyro, que se ha dejado influir por las opiniones de Magneto. Rondador Nocturno teletransporta a Tormenta al interior de Cerebro, donde crea una tormenta de nieve para romper la concentración de Jason y liberar a Xavier de su control.

Los X-Men huyen de la presa mientras el agua la engulle, matando a Stryker, pero el X-Jet pierde toda su potencia y lucha por levantar el vuelo mientras el agua de la inundación se precipita hacia ellos. Jean se escabulle del jet y se despide telepáticamente del equipo. Retiene el agua y eleva el jet por encima de ella mientras las llamas brotan de su cuerpo, hasta que lo suelta y permite que la inundación caiga sobre ella, presumiblemente matándola. Los X-Men entregan al presidente los archivos de Stryker, y Xavier le advierte que humanos y mutantes deben trabajar juntos para construir la paz. De vuelta a la escuela, Xavier, Cíclope y Logan recuerdan a Jean, y Xavier comienza a dar una clase. Mientras tanto, una forma parecida a la del Fénix surge del lago Alkali inundado.