Los X-Men ahora son vistos como héroes a nivel nacional después de derrotar a Apocalipsis, pero surge un nuevo problema cuando se dirigen al espacio para rescatar a los astronautas varados, y Jean Gray está expuesta a una poderosa fuerza de energía que le otorga los poderes del Fénix. Aunque está impresionada por sus nuevos poderes, se da cuenta de que apenas puede controlarlo.

Después de que Jean se entera de que su padre está vivo (después de que supuestamente murió en un accidente automovilístico con su madre), se entera de que él voluntariamente la entregó a Charles Xavier ya que la culpó por el accidente, ya que fueron sus poderes los que lo causaron. Cuando los otros X-Men llegan para recuperarla, Jean termina lastimando a Quicksilver y matando a Mystique antes de huir a la isla de Genosha. Ella le pide ayuda a Magneto, pero él la rechaza después de verla atacar a un equipo de soldados. Está convencido de ir a matarla después de que Bestia aparezca para decirle que ella mató a Mystique.

Jean es encontrado por Vuk, líder de la raza alienígena D'Bari que estaba rastreando la fuerza de energía que destruyó su planeta natal y luego entró en el cuerpo de Jean. Magneto y Beast se dirigen a Nueva York para matar a Jean, pero Charles va con Storm, Cyclops y Nightcrawler para detenerla. Después de una feroz batalla, Jean parece perdonar a Charles por suprimir los recuerdos de su infancia (lo que la llevó a la oscuridad), pero son capturados por un grupo de contención mutante del gobierno. Los D'Bari atacan el tren con los mutantes y matan a los soldados antes de que los X-Men sean liberados y se defiendan. Vuk, que había absorbido algunos de los poderes de Jean, viene a terminar el trabajo, pero Jean se defiende y destruye a Vuk en el espacio exterior antes de que aparentemente sea asesinado por la poderosa explosión.

La academia mutante se renombra en la memoria de Jean, mientras que Charles se retira. Él sigue siendo amigo cercano de Magneto, mientras que un disparo de un fénix en llamas en el cielo implica que Jean está viva.