La Oficial Judy Hopps (Ginniger Goodwin) descubre dónde están todos los animales desaparecidos: el Alcalde Leodore Lionheart (JK Simmons) los ha mantenido confinados porque, de alguna manera, todos se han vuelto violentos. El alcalde es arrestado y reemplazado por su oveja subordinada Dawn Bellwether.

En una conferencia de prensa, Judy revela que todos los animales desaparecidos pertenecían a especies que antes eran depredadoras, y especula que los depredadores pueden estar regresando a sus antiguos instintos sedientos de sangre. Nick Wilde (Jason Bateman), el zorro que ayudó a Judy a resolver el caso, se ofende y la abandona.

Judy, con el corazón roto, regresa a la granja de sus padres, donde descubre la verdadera razón por la que los depredadores de Zootopia se estaban volviendo violentos: estaban expuestos a flores conocidas como "aulladores nocturnos".

Judy encuentra a Nick, e interrogan al duque Weaselton, un ladrón que había sido atrapado antes con una canasta de bulbos de flores robada. Duke había vendido las semillas a los criminales que querían criar aulladores nocturnos y usar su extracto para enloquecer a los depredadores.

Nick y Judy encuentran el laboratorio en un vagón de metro abandonado.

De repente, descubren que Dawn Bellwether era la mente maestra de toda la trama: estaba disparando a los depredadores con cápsulas llenas de zumo de aullador nocturno, para desacreditar al Alcalde Corazón de León y poder tomar el control de Zootopia.

Dawn le dispara a Nick con el zumo, pensando que va a matar a Judy por ella ... pero Nick y Judy habían substituido las cápsulas aulladoras nocturnas en su pistola con arándanos de la granja de los padres de Judy. Dawn y sus cómplices son arrestados, y todos los animales aprenden a vivir en paz y armonía nuevamente.

Y al final, Nick, antes deshonesto, se convierte en el primer zorro en unirse al Departamento de Policía de Zootopia.