En Chichibu, Saitama, un grupo de seis amigos de la infancia de sexto grado se separa después de que uno de ellos, Meiko "Menma" Honma, muera en un accidente.

Cinco años después del incidente, el líder del grupo, Jinta Yadomi, se ha retirado de la sociedad, no asiste al instituto y vive recluido.

Un día de verano, el fantasma de una Menma de aspecto anciano aparece junto a él y le pide que le conceda un deseo, razonando que no puede pasar al más allá hasta que no se cumpla. Al principio, sólo intenta ayudarla mínimamente porque cree que está alucinando. Pero como Menma no recuerda cuál es su deseo, Jinta vuelve a reunir a sus amigos distanciados, creyendo que ellos son la clave para resolver este problema.

Todo el grupo se une a él, aunque la mayoría lo hace a regañadientes. Sin embargo, las cosas se complican cada vez más cuando sus amigos le acusan de no poder superar la muerte de Menma, ya que no pueden verla y creen que Jinta está alucinando.

Menma muestra su presencia al grupo para demostrar que sí es real. Todos los miembros del grupo acaban por querer cargar con la culpa de la muerte de Menma y se reavivan los sentimientos largamente ocultos entre el grupo. El grupo lucha por ayudar a Menma a seguir adelante y por ayudarse mutuamente a seguir adelante.