El equipo descubre que Orson Marcato es el responsable del robo de los Nano rastreadores que llevan Mac y Riley. Al día siguiente de su primera desaparición en busca de la verdad, Mack y Riley llegan a un campo de maíz sin recordar su paradero.

Los ejercicios de memoria (así como las últimas pruebas de vídeo) les llevan a investigar si los nano rastreadores podrían utilizarse para controlar sus funciones corporales. Preguntado por el colega de Markato, éste descubre que el gobierno estadounidense ha realizado un estudio.

Matty lo confirma en una convención en DC, ya que el equipo impide inmediatamente que los partidarios de los nanos empujen a cientos de soldados estadounidenses y a sus familias en una concentración en DC. Tras eliminar con éxito esta amenaza, Bowser propone una forma de eliminar los rastreadores de la cámara hiperbárica, que resulta ser un éxito.

Sin embargo, Mack anuncia su dimisión, diciendo que no quiere trabajar para un gobierno que no puede realizar pruebas sin permiso. Sus colegas siguieron este ejemplo hasta que Russell y Matty anunciaron su plan de convertir a Phoenix en una corporación totalmente funcional, que rechazaría cualquier acuerdo con el gobierno y trabajaría sólo para su propio beneficio. Esto vuelve a poner a todos en el redil.

MacGyver se despide con un episodio que da la sensación de "esperemos a otra temporada".

Resulta un episodio satisfactorio en algunas cosas, pero hay que preguntarse qué es este drama y el triángulo amoroso que salió de la cuarta temporada.

La serie concluye con Mack y Desi todavía juntos, Mack y Riley todavía enfrentándose a un propósito significativo con conversaciones profundamente personales, y se deja a los fans que decidan por sí mismos lo que sucede a continuación. ¿Viven Mac y Desi juntos? ¿Están rompiendo y Mack y Riley se reúnen? Puede que no lo sepamos. El regreso, por supuesto, significa que no fue como se planeó la temporada pasada, lo que también muestra por qué fue tan malo que se convirtiera en una cosa.