Mientras 'Utopía' se apresura hacia el final de su temporada inaugural, los protagonistas se dan cuenta de que una oscura organización de estado llamada 'La Cosecha' va tras ellos. Han aniquilado a la familia de Wilson y puesto a los seres queridos de Ian en un hospital, con la esperanza de atraparlo cuando los visite. Stearns se ha unido a los teóricos de la conspiración después de saber que su esposa ha sido una agente durmiente de La Cosecha, enviada para mantenerlo a raya.

Arby sufre cambios drásticos en el curso de la serie. Comienza como el asesino más eficiente afiliado a La Cosecha y parece ver a Christie, el aparente líder de la organización, como una figura paterna. Pero comienza a perder ese sentido de asombro a medida que se vuelve más y más consciente de lo que se le ha hecho desde que era un niño. Tanto él como Jessica han crecido en un lugar llamado simplemente "Hogar" junto con varios otros niños. Como Christie explica más tarde, estos niños son traídos de varios países de todo el mundo y criados en el "Hogar" con diferentes propósitos. "¿Qué has hecho para ganarte tu lugar en este mundo lleno de gente?" Christie dice varias veces en la serie. Algunos de estos niños están destinados a ser ratas de laboratorio, utilizados durante los experimentos, mientras que otros se entrenan para ser asesinos, como Arby. Algunos incluso están destinados a convertirse en mártires por lo que la Cosecha considera el bien mayor, como Charlotte, que muere después de haber contraído voluntariamente el mortal virus.

Durante su ataque a la casa de Alice (Farrah Mackenzie), Arby ve en una de las páginas del manuscrito de 'Utopía' que él y Jessica son supuestamente hermanos. Esta es la razón por la que entrega a Christie a los teóricos de la conspiración y los protege durante toda la noche de los ataques de hombres y mujeres como él.

El diabólico plan de Christie

Durante su interrogatorio, Jessica, Stearns y otros se dan cuenta del nivel de megalomanía de Christie. Lo que se supone que es una vacuna para el virus mortal, de hecho, es un brebaje que volverá infértil a toda la humanidad durante las próximas tres generaciones. Christie ha deducido que todos los problemas modernos, desde la deforestación hasta el calentamiento global, tienen una fuente singular, la superpoblación. Cree que al reducir significativamente la población mundial puede iniciar el proceso de curación de la Tierra. Considera que este es su propósito en el mundo.

La traición

A pesar de que está atado y siendo interrogado, Christie todavía tiene el control absoluto de la situación. Parece tener información sobre cada uno de los personajes principales y la usa con maestría para manipularlos. Wilson siempre ha sido el más susceptible, debido a sus propias opiniones pesimistas sobre la humanidad. Christie encuentra en él un oyente ansioso, aunque es el que ordenó la muerte de la familia de Wilson.

Después de que Ian, Stearns, Becky, Alice y Grant se van para destruir la vacuna y Jessica se va con Arby, Wilson se queda atrás y parece haber liberado a Christie que llama a su hijo, Thomas (Cory Michael Smith). La misión de Ian y otros tiene éxito y todo el alijo de la vacuna de Christie es destruido. Ian y Becky se comprometen. Stearns deja el cuartel general de Christie Bio por separado de los demás y se muestra que se aleja con el huevo madre de la incubadora de vacunas, lo que indica que no lo ha destruido. Grant es arrestado por la policía ya que aún es sospechoso de matar a la protegida de Christie, Cara, y a su familia. Becky se las arregla para escapar de la policía y es recogida por Wilson. Viendo a Thomas y Christie en el coche, Becky se da cuenta de que Wilson los ha traicionado. En cuanto a Ian y Alice, siguen libres y están actualmente en fuga.

La gran revelación

Arby lleva a Jessica al Hogar. Vuelve a ver la casa amarilla de su infancia, donde sufrió todo el horror y el trauma. Mientras se acuesta en su vieja cama, el virus que contrajo antes por la mordedura de conejo recorre su cuerpo. La agente Katherine Milner (Sonja Sohn) aparece y le revela a Jessica que ella no es parte de la Seguridad Nacional, pero si es el "Hogar". También le dice que ella y Christie trabajaban por objetivos similares pero ya no, aunque él aún no lo sabe.

Jessica antes pensaba que Christie era el misterioso Sr. Conejo, el supuesto gran malvado, al ver un tatuaje en su espalda. Pero ahora, Home muestra su propio tatuaje, indicando que ella es el verdadero Sr. Conejo. Explica que la novela gráfica no tiene mucho valor para ella, ya que sólo era un cebo para atraer a Jessica allí. Fácilmente somete a Jessica y le arranca la ropa de su espalda. Parece tener múltiples marcas en la espalda como la del brazo.

Por la forma en que Milner habla de ella y de la visión del futuro del padre de Jessica, estas marcas en el cuerpo de Jessica llevan algunas formas de armas biológicas que están diseñadas para cambiar el comportamiento humano. En las escenas finales, se nos muestra que el padre de Jessica está vivo. Esto implica que todavía está trabajando con el Sr. Conejo.